از آنجا که مالیات اهمیت بسزایی برای کشورها دارد به همین جهت آنها اقتدارات و اختیارات گسترده ای را در مراحل تشخیص و وصول مالیات، به دستگاه مالیاتی اعطاء می کنند تا بتوانند با توسل به آن مالیات را به موقع تشخیص و وصول نمایند. در مقایسه با این اختیارات گسترده وظایف اندکی به دستگاه مالیاتی داده شده است. در این رساله به بررسی حقوق و وظایف مودیان و مراجع مالیاتی می پردازیم و به این نتیجه می رسیم که شاید در عمل حقوق مودیان آن طور که شاید و باید رعایت نمی شود در حالی که دستگاه مالیاتی خواستار انجام آنها می باشد و در واقع با بررسی حقوق مودیان و وظایف مراجع مالیاتی به این نکته دست پیدا می کنیم که یک رابطه ی دو طرفه وجود دارد یعنی انجام وظیفه از طرف دستگاه مالیاتی حفظ حقوق مودیان را به دنبال خواهد داشت. این نکته در حالت عکس این قضیه نیز صادق است یعنی انجام وظیفه از طرف مودیان حفظ حقوق دستگاه مالیاتی را در پی خواهد داشت یعنی این رابطه کاملاً دو طرفه می باشد. در این رساله تا آنجایی امکان داشته است سعی شده است حقوق و وظایف هر دو طرف به طور کامل توضیح داده شود تا دو طرف آگاهی لازم در این زمینه را پیدا کنند. حقوق مودیان که شامل حق کسب اطلاعات و توضیح خواهی، حق ابلاغ، حق رفتار منصفانه حق رازداری یا عدم افشای اطلاعات مالیاتی، حق داشتن مشاور مالیاتی، حق ممیزی های معقول حق مرور زمان مالیاتی، حق دادخواهی و دادرسی، حق داشتن وکیل، حق استماع توضیحات یا حق دفاع، حق دسترسی به اطلاعات و اسناد و مدارک پرونده ی مالیاتی می شود در این تحقیق بررسی می شود. همچنین وظایف آنها که شامل تنظیم و تسلیم اظهارنامه، کسر مالیات های تکلیفی، نگاهداری حساب ها و دفاتر و فرم های قانونی، ارائه اسناد و مدارک، اخذ و درج شماره ی اقتصادی بر روی صورتحساب ها و پرداخت مالیات می شود نیز بررسی می کنم. همچنین حقوق دستگاه مالیاتی که به دو بخش عمده یعنی حق مربوط به نظارت و اعمال ضمانت اجراها تقسیم می شود، و نیز وظایف دستگاه مالیاتی که شامل لزوم مجوز قانونی برای اخذ مالیات شناسایی مودیان و فعالیت های اقتصادی آنها، رسیدگی به اظهارنامه و دفاتر قانونی و دعوت از مودی جهت رسیدگی به دفاتر او، تشخیص مالیات، صدور برگ تشخیص، ابلاغ می باشد نیز بررسی می شود، همچنین مراجع حل اختلاف مالیاتی نیز بررسی می شوند.