بتا تالاسمی یک بیماری مغلوب اتوزمی است که با کاهش زنجیرهی بتا همراه است. بتا تالاسمی از جمله شایع ترین بیماری های تک ژنی در ایران است. به دلیل وجود جهش های متعدد در ‍‍ژن بتا تالاسمی استفاده از مارکرهای پیوسته به ژن در دنبال کردن آلل بیماری زا مفید است. وجود یک نقطه ی داغ نوترکیبی فعال در ناحیه5 ژن ? می تواند کاربرد مارکرهای چندشکلی واقع در این ناحیه را در تشخیص ناقلین و موارد قبل از تولد بیماری دچار مخاطره نماید. به منظور بررسی میزان پیوستگی مارکرهای چند شکلی در ناحیه 5 ژن ? در جمعیت ایرانی، سه مارکر avaii (درموقعیت ?506+)، rsai (درموقعیت ?550-) و hindiii (داخل ژن g?) انتخاب شدند. این سه مارکر با استفاده از rflp-pcr در 150 فرد غیرخویشاوند در جمعیت ایرانی تعیین ژنوتیپ شدند. فراوانی اللی و درجه هتروزیگوسیتی برای افراد غیرخویشاوند با برنامه genepop تخمین زده شد. محاسبه عدم تعادل پیوستگی درافراد غیرخویشاوند توسط دو نرمافزار midas و 2ld آنالیز شد. مقایسه نتایج حاصل از تخمین فراوانی آللی و درجه هتروزیگوسیتی مشاهده شده مارکرهای avaii، hindiii و rsai نشان داد که هر سه مارکر پلی مورفیسم و درجه هتروزیگوسیتی بالا دارند. با مقایسه ?2 دو مارکر avaii و rsai در تعادل هاردی واینبرگ قرار داشتند ولی hindiii در تعادل هاردی واینبرگ نیست و به سمت افزایش هتروزیگوتی در جمعیت بوده است. بوسیله نرم افزار midas، مقدار d برای هاپلوتیپ rsai- avaii16/0، برای هاپلوتیپ hindiii-avaii، 09/0 و برای هاپلوتیپ hindiii-rsai، 002/0 بدست آمد.0مقدار ?2 به دست آمده برای این سه هاپلوتیپ hindiii-avaii، rsai- avaiiو hindiii-rsai از مقدار ?2 درجدول ?2 و در سطح احتمال p<0.05 کوچک تر بود. نتایج بدست آمده نشان داد که مارکرهای rsai hindiii و avaii در پیوستگی متعادل قرار دارند. مطالعات بیوانفورماتیک نشان داد دو جایگاه snp برای جایگاه شناسایی آنزبم hindiii وجود دارد. محصولات pcr مربوط به hindiii برای بررسی وجود snp های مختلف در این ناحیه تعیین توالی شدند ولی این مارکر در افراد سالم با ژنوتیپ منفی تنها یک snp داشت. نتایج بدست آمده نشان می دهد به علت وجود ناحیه داغ نوترکیبی در 5 ژن ? مارکرهای خوشه ? را در دوگروه ساب-هاپلوتیپی 3و 5 می توان تقسیم کردکه در هر گروه ld بالا وجود دارد ولی بین مارکرهای دو گروه هاپلوتیپی 3و 5’، ld وجود ندارد. مارکر rsai موجود در ناحیه نقطه داغ با هیچ کدام از دو گروه هاپلوتیپی 3 و 5 ،ld نداشت. مارکر های پلی مرف hinfi و rsai در بین توالی های تکراری قرار دارند. کراسینگ آور نابرابر در توالی های تکراری می تواند سبب تصادفی بودن مارکر های rsai وhinfi نسبت به ساب-هاپلوتیپ 5 و 3باشد. مارکرهای 5 ناحیه نقطه داغ را می توان در مطالعات همبستگی جهش و هاپلوتیپ استفاده کرد یعنی آللهای موتانت به طور قوی با هاپلوتیپ های خاص rflp پیوستگی دارند