در این تحقیق به بررسی 7 ماده مختلف به عنوان الکترود در پیل سوختی میکروبی دوبخشی ، پرداخته شد و در پایان از بین آلومینیوم ، مس ، استیل ، گرافیت ، کربن کاغذی ، کربن پارچه ای و بافت الیاف کربنی ، الکترود کربن پارچه ای در مقایسه با سایر مواد بالاترین دانسیته توان را بدست آورد. بافت الیاف کربنی و پس از آن گرافیت و مس جواب های قابل قبولی ارائه دادند.با توجه به اینکه الکترود آند و کاتد می توانند تاثیرات متفاوتی روی عملکرد پیل سوختی میکروبی داشته باشند، آزمایشاتی با دو الکترود متفاوت در دو بخش آند و کاتد انجام گرفت. نتایج حاصل از این مرحله به این صورت بود که با حضور کربن پارچه ای در آند افزایش توان الکتریکی محسوسی اتفاق افتاد. در مقابل حضور مس در آند نتایج قابل قبولی در بر نداشت که این به علت اثر سمیت مس است. و زمانیکه در یکی از محفظه های آند و کاتد الکترود کربن پارچه ای و بافت الیاف کربنی قرار داشتند نسبت به حالتی که هیچیک از این دو در پیل حضور نداشتند افزایش توان محسوسی مشاهده شد. همچنین اثر سطح الکترود مورد بررسی قرار گرفت که مشخص شد در کاتد همواره افزایش سطح منجر به افزایش توان خروجی می شود اما در آند ، تا حد مشخصی این اتفاق می افتد و پس از آن افزایش سطح اثر معکوس روی توان خروجی گذاشت.