فلور لاکتیکی دو پنیر سنتی ایرانی (لیقوان و کوزه) حاصل از شیر خام و فاقد استارتر ، بوسیله دو روش مبتنی بر کشت و مستقل از کشت مورد بررسی قرار گرفت. سه بهر از پنیر لیقوان و یک بهر از پنیر کوزه جهت ارزیابی ساختار و دینامیک میکروبی در مراحل مختلف تولید و رسیدگی ، در معرض آنالیز مستقل از کشت pcr- dgge و توالی یابی باند های غالب قرار گرفتند. علاوه بر آن، کشت در محیط های انتخابی (m17, mrs و kaa ) برای باکتریهای اسید لاکتیک ، جداسازی کلونی های تک ( به تعداد n=130 ) ، انجام آزمون api ، شناسایی مولکولی بوسیله pcr- ardra و توالی یابی و تمایز دهندگی در سطح سویه (نژاد) بوسیله rep- pcr نیز صورت گرفت. آنالیز dgge نشان داد که آمپلیکونهای غالب در تمام چهار بهر پنیر- ها ، متعلق به گونه های lactococcus lactis و streptococcus parauberis بود. علاوه بر آن، دو باکتری escherichia coli و lac. garvieae در هر دو پنیر لیقوان و کوزه بطور مکرر شناسایی شدند، در حالیکه باکتری گونه streptococcus thermophilus در برخی نمونه ها مشاهده شد. enterococcus faecium و ent.faecalis در میان ایزوله های تمام بهر های پنیر، به عنوان باکتری های غالب مشخص شدند. این دو گونه باکتری، تنوع ژنتیکی بالایی را نیز نشان دادند. وجود تناقض میان نتایج روش مبتنی بر کشت و روش dgge ، می تواند دلالت بر این امر داشته باشد که جمعیت های غالب در این محیط های کشت، در یک حالت غیر قابل بازیافت حضور داشته اند.این پدیده، این عقیده را قوت می بخشد که داده های حاصل از تکنیک های مبتنی بر کشت و مستقل از کشت ، مکمل یکدیگر بوده و درنهایت توصیف کاملتر و جامع تری از اکوسیستم های پنیر را فراهم می سازد. داده ها و اطلاعات بدست آمده از تحقیق پیش رو، می تواند کمکی در جهت گزینش و انتخاب استارترهای تجاری برای تولید پنیر های لیقوان و کوزه در مقیاس صنعتی با استفاده از شیر پاستوریزه باشد. همچنین، آنالیز میکروبی ، اجازه انتخاب سویه های مناسب از جمله str. thermophilus برای طراحی استارترهای ویژه برای تولید پنیر سنتی وسایر فراورده های لبنی را امکان پذیر می سازد.

رب گوجه فرنگی به دلیل رطوب بالا مستعد رشد کپک ها می باشد که بقایای آن می تواند به خوبی در رب گوجه فرنگی حضور داشته باشند. مهمترین جنس های کپکی آلوده کننده رب گوجه فرنگی پنی سیلیوم، آسپرژیلوس و رایزوپوس هستند. مهمترین تأثیر آلودگی کپکی در گوجه فرنگی، امکان تولید سموم کپکی یا مایکوتوکسین ها می باشد که سلامت مصرف کننده را به مخاطره می اندازد. استاندارد فعلی ارزیابی آلودگی کپکی رب گوجه فرنگی آزمون شمارش بقایای ریسه های کپک می باشد. در این روش به دلیل مشاهده چشمی کپک ها و ریسه آنها احتمال خطای آزمون کننده وجود دارد و قابلیت تکرارپذیری نتایج آن پایین است. در این تحقیق از روش مولکولی real time pcr جهت شمارش و اندازه گیری کپک ها در رب گوجه فرنگی به دو روش سایبرگرین و تک من پروب استفاده شد