فیتوپلانکتون ها موجوداتی با تنوع بسیار بالا و پراکنش جهانی در زیستگاه های مختلف هستند. این تنوع بالا در نتیجه ی انعطاف پذیری اکولوژیکی و توانایی آن ها در تحمل به شرایط مختلف اقلیمی و استرس های محیطی است. فیتوپلانکتون ها به عنوان شاخص زیستی بسیار حساس در منابع آبی به شمار می روند و مطالعه تنوع و مشخص نمودن ترکیب گونه ای آن ها می تواند اطلاعات بسیار مفیدی را از شرایط کیفی آب حاصل نماید. هدف از این تحقیق بررسی اهمیت شناسایی و تشخیص گونه های فیتوپلانکتونی با تاکید بر استفاده از روش دی ا?ن ای بارکدینگ می باشد. در این راستا در زمینه خالص سازی نیز مطالعاتی صورت گرفت و نهایتاً هفت گونه از فیتوپلانکتون های بومی آب های خلیج فارس جداسازی شد. با توجه به بررسی های مورفولوژیکی انجام شده چهار نمونه خالص شده در گروه جلبک های سبز(nannochloris، chlorella، a1 و a2)، یک نمونه در گروه جلبک های قهوه ای (isochrysis) و یک نمونه دیگر در شاخه سیانوباکتری ها (merismopedia) قرار گرفتند. از بین نمونه های خالص شده دو نمونه a1 و a2 به دلیل اندازه کوچک شان ناشناخته ماندند. در این پژوهش کتابخانه همسانه از ژن 18s rdna با استفاده از جفت آغازگر های اختصاصی فیتوپلانکتون ها در آزمون pcr ساخته شد. پس از بررسی قطعه همسانه سازی شده، همسانه های مورد نظر تعیین ترادف گردیدند. از کل 42 قطعه همسانه سازی شده نهایتاً ده ترادف شناسایی و با اطلاعات موجود در پایگاه اطلاعاتی ncbi توسط برنامه blast مقایسه شد. بررسی های فیلوژنی، نمونه های تعیین ترادف شده از سواحل جنوبی را در شش شاخه کلروفایتا، رودوفایتا، دینوفایتا، هاپتوفایتا، باسیلاروفایتا و استرامینوپیلا قرار داد. بررسی های انجام شده در این تحقیق نشان می دهد که روش ساخت کتابخانه همسانه از ناحیه ژنی 18s rdna به عنوان یک روش دقیق برای شناسایی نمونه های دریایی به شمار می رود. از این رو به عنوان روشی کارآمد برای بررسی های فیلوژنی در محیط های دریایی پیشنهاد می شود.