ژن tlr4 به عنوان یکی از ژن های تأثیر گذار در سیستم ایمنی دامنه وسیعی از الگوهای میکروبی را شناسایی و سیستم ایمنی را برای مقابله با این عوامل، تحریک میکند. در این پژوهش به منظور بررسی چندشکلی این ژن و ارتباط آن با نمره سلولهای سوماتیک شیر، از 108 رأس گاو در دو گله براون سوئیس و هلشتاین در استان خراسان خونگیری انجام گرفت. پس از استخراج dna به روش بهینه یافته نمکی، قطعه ای از اگزون شماره سه این ژن به طول bp382 با استفاده از واکنش زنجیره ای پلیمراز (pcr) تکثیر شد و چندشکلی ژنتیکی دراین جمعیت با استفاده از روش تفاوت فرم فضایی رشته های منفرد (sscp) مشخص گردید. ژنوتیپ های aa و ab با استفاده از تکنیک تفاوت فرم فضایی رشته های منفرد و با فراوانی های 74/65% و 26/34% شناسایی گردید. نتایج، وجود دو آللa و b را در دو جمعیت مورد مطالعه با فراوانی های 87/82% و 13/17% نشان داد. بررسی آماری ژنوتیپ های به دست آمده نشان داد جامعه مورد نظر دارای تعادل هاردی واینبرگ نمی باشد. شاخص شانون و تعداد آلل های موثر نیز در این بررسی به ترتیب 4597/0 و 3965/1 برآورد گردید. نتایج حاصل از تجزیه و تحلیل داده ها با استفاده از نرم افزار sas و رویه مختلط نشان داد که اثر ژنوتیپ بر شاخص سلولهای سوماتیک نژاد براون سوئیس و کل جمعیت مورد مطالعه معنی دار نبود اما اثر این ژنوتیپ ها بر شاخص سلولهای سوماتیک در نژاد هلشتاین معنی داربود ( 05/0p<). آلل b نسبت به آلل a دارای شاخص سلولهای سوماتیک کمتری می باشد و ممکن است بتواند در روند افزایش مقاومت به بیماری ورم پستان نقش موثری داشته باشد. کلمات کلیدی: ورم پستان، ژن tlr4، پلی مورفیسم، نمره سلولهای سوماتیک، هلشتاین، براون سوئیس