با توجه به افزایش روز افزون نگرانی جهان امروز در رابطه با مسائل زیست محیطی، در مطالعات سال های اخیر، آلودگی را در ارزیابی عملکرد صنایع ، که هم کالای مطلوب و هم کالای نامطلوب تولید می کنند ، وارد کرده اند و نوع جدیدی از کارایی و بهره وری را تحت عنوان زیست کارایی و بهره وری زیست محیطی را معرفی کرده اند. با پیروی از مطالعات اخیر در این تحقیق به ارزیابی زیست کارایی پالایشگاههای نفت کشور که از یک سو نقش ارزنده ای در اقتصاد ملی دارند و از سوی دیگر با مصرف بالای سوخت فسیلی و در نتیجه انتشار co2 باعث آلودگی محیط زیست می شوند ، پرداخته شده است. با استفاده از نرم افزار windeap و روش dea ستانده محور با در نظر گرفتن کالای نامطلوب، کارایی، زیست کارایی ، بهره وری و بهره وری زیست محیطی محاسبه شده است. نتایج حاکی از این است که پالایشگاه بندرعباس کاراترین پالایشگاه نفت از نظر زیست کارایی طی دوره 88-1382 است و زیست کارایی پالایشگاه تبریز و آبادان طی دوره مورد مطالعه دارای روند افزایشی است. با وجود روند افزایشی زیست کارایی پالایشگاه آبادان ، این پالایشگاه دارای کمترین میانگین زیست کارایی در طی دوره مورد مطالعه می باشد. نوع سوخت نیز اثر معنی داری بر زیست کارایی پالایشگاهها دارد.میزان بهره وری و بهره وری زیست محیطی نسبت به اول دوره مورد مطالعه افزایش یافته اند و بیشتر افزایش بهره وری ناشی از افزایش کارایی تکنولوژیکی بوده است.