ارتفاع گیاه، یکی از صفات زراعی مهم در برنج است. گیاهان با ارتفاع بلند، به راحتی دچار ورس شده و دچار کاهش عملکرد می شوند. زمان رسیدگی نیز از دیگر فاکتورهای مهم در سازگاری فصلی و منطقه ای ارقام مختلف برنج می باشد. هدف از این تحقیق، شناسایی نشانگرهای ریزماهواره (ssr) و aflp پیوسته با دو صفت ارتفاع بوته و زمان رسیدگی در یک جمعیت 188 فردی f2:3 حاصل از تلاقی ارقام بینام و کادووس بود. 59 نشانگر ssr و 42 ترکیب آغازگری از نشانگرهای aflp جهت شناسایی نشانگرهای چندشکل در دو ژنوتیپ والدینی مورد استفاده قرار گرفتند که از این میان، 24 نشانگر ssr و 39 نشانگر aflp، چندشکلی خوبی در بین والدین داشتند که برای تهیه نقشه پیوستگی جمعیت مورد استفاده قرار گرفتند. نقشه حاصل، 3/1361 سانتی مورگان از ژنوم برنج را پوشش داد و فاصله متوسط هر دو نشانگر مجاور از یکدیگر 07/23 سانتی مـورگان بود. با استفاده از روش مکان یابی فاصله ای، شش qtl برای ارتفاع بوته مکان یابی شد که از میان qtlهای شناسایی شده، qph-3، qph-7، qph-9 و qph-10 به عنوان qtlهای بزرگ اثر و مهم بودند. همچنین سه qtl برای روز تا رسیدگی کامل مکان یابی شد که از میان این qtlها، qmd-6 و qmd-11 بزرگ اثر بودند. .با استفاده از روش مکان یابی فاصله ای مرکب، هفت qtl برای صفات مورد مطالعه مکان یابی شد. برای ارتفاع بوته، پنج qtl روی کروموزوم های 3، 7، 9، 10و 11، و برای روز تا رسیدگی کامل نیز دو qtl بر روی کروموزوم های 6 و 7 شناسایی شد. از میان qtlهای شناسایی شده، qph-3 (در فاصله بین نشانگرهای p36-m42-3_p36-m42-1) و qph-10 (در فاصله بین نشانگرهای p77-m62-5_p67-m59-2) برای ارتفاع بوته و qmd-6 (در فاصله بین نشانگرهای rm402_p57-m61-5) برای روز تا رسیدگی کامل، به ترتیب 16/17، 47/15 و 71/15 درصد از تنوع فنوتیپی صفات مربوطه را کنترل کردند و به عنوان qtlهای بزرگ اثر بودند. نتایج حاصل از این پژوهش نشان داد که نشانگرهای p36-m42-3، rm278 و p67-m59-2 به عنوان نشانگرهای پیوسته با ارتفاع بوته و p57-m61-5 و p57-m61-4 به عنوان نشانگرهای پیوسته با روز تا رسیدگی کامل می توانند برای اصلاح جمعیت مورد مطالعه از طریق انتخاب به کمک نشانگر مورد استفاده قرار گیرند.