باکتری اشریشیا کلی از نظر ژنتیکی بسیار متنوع می باشد. سویه های مختلف اشریشیا کلی در نتیجه ی حضور فاکتور های حدت مختلف قادر به تولید طیف گسترده ای از بیماری ها و عوارض بالینی مختلف می باشند. یکی از مهمترین فاکتور های حدت در اشریشیا کلی، پروتئینی است به نام اینتیمین که توسط ژن eaeکد می گردد. همه ی انتروپاتوژنیک اشریشیا کلی ها (epec) و برخی از شیگاتوکسیژنیک اشریشیا کلی ها (stec) که ژن eae را دارند، در زمره ی گروه aeec قرار می گیرند. این باکتری ها این پتانسیل را دارند که ضایعات اتصالی و محو کننده را در مخاط روده ایجاد کنند. تعیین ژنوتیپ جدایه های واجد eae با روش های ملکولی و تعیین تحت تیپ های eae در بررسی پاتوژنز، اپیدمیولوژی و بررسی کلون های باکتری ارزشمند بوده و دارای کاربرد است. در این مطالعه مجموع 234 نمونه مدفوع که از 79 مدفوع گاو سالم، 80 گوسفند سالم و 75 کودک 10 یا زیر 10 سال مبتلا به اسهال طی زمستان سال 1389 و بهار سال 1390 اخذ شد. مجموع 312 جدایه ی اشریشیا کلی بدست آمده از منابع مختلف بوسیله pcr برای ژن eae و با کمک روش pcr چندگانه برای ژن های stx1، stx2، eae و ehly مورد بررسی قرار گرفت. از میان 106 جدایه ی بدست آمده از کودکان مبتلا به اسهال، 1 جدایه stec و 5 جدایه epec بود. 15 جدایه ی stec و 1 جدایه که فقط حاوی ژن ehly بود از 108 جدایه ی متعلق به گاوان سالم بدست آمد. از میان 98 جدایه ی متعلق به گوسفندان سالم 59 جدایه stec، و 2 جدایه فقط حاوی ژن ehly بود. تنها ژن تولید کننده ی شیگاتوکسین که از گوسفند جداسازی شد stx1 بود. همه ی جدایه های eae مثبت (5 جدایه ی انسانی و 3 جدایه ی گاوی) توسط pcr-rflp برای تعیین تحت تیپ های اینتیمین در این مطالعه مورد بررسی قرار گرفتند. از میان 5 جدایه ی حاوی ژن eae متعلق به نمونه ها ی انسانی، همه ی جدایه ها واجد اینتیمین تحت تیپ ? شناسایی شد. از میان 3 جدایه ی eae مثبت متعلق به نمونه های گاوی، 1 جدایه واجد اینتیمین تحت تیپ ?، 1 جدایه واجد اینتیمین تحت تیپ ? شناسایی شد، 1 جدایه هم تحت تیپ اینتیمین آن شناسایی نشد که نیازمند تعیین توالی می باشد. اگرچه جدایه های انسانی و گاوی تحت تیپ های اینتیمین مشترکی داشتند ولی توجیه تشابه کلونال آن ها با توجه به تفاوت ژنوتیپی آن ها، نامشخص است. یکی از جدایه های انسانی دارای پروفایل ژنی مشابه با فراوان ترین ژنوتیپ در میان جدایه های گوسفندی بود (stx1/ehly). بنابراین گوسفند در شهرستان گرمسار از مخازن احتمالی عفونت های ناشی از stec محسوب می گردند. برای دستیابی به دیدی روشن تر درباره ی شباهت کلونال و تفاوت های سویه های e. coli بدست آمده از منابع مختلف در گرمسار، بررسی سویه ها بوسیله ی روش های دیگر تایپینگ مثل pgfe مورد نیاز است. در این مطالعه تحت تیپ int-? برای اولین بار در ایران گزارش شد.