آویشن یکی از معروف ترین گیاهان دارویی و ادویه ای جهان بعلت دورگه گیری های بین گونه ای تنوع زیادی دارد. به منظور بررسی تنوع ژنتیکی توده های آویشن موجود در ایران، برای اولین بار از 30 آغازگر نیمه تصادفی isj از دو گروه آغازگرهای ردیاب اینترون (it) و ردیاب اگزون (et) بر روی 70 توده آویشن استفاده شد. تمام آغازگرها در مجموع 694 باند تکثیر کردند که 683 عدد باند (98%) آنها چندشکل بودند. بیشترین تعداد باند چندشکل از 17 تا 27 باند متغیر بود. متوسط تعداد باند به ازای هر آغازگر 13/23 عدد و برای هر ژنوتیپ 91/9 عدد برآورد شد. بیشترین و کمترین محتوای اطلاعات چند شکلی مربوط به آغازگر it 15-36 وit 18-2 به ترتیب با 37/0 و 21/0 بود. بیشترین مقدار شاخص نشانگر را آغازگر et 15-33 (36/9) و کمترین مقدار را آغازگر et 18-6 (74/3) به خود اختصاص داد. تجزیه خوشه ای با استفاده از نرم افزار darwin 5 و روش upgma و تشکیل ماتریس تشابه دایس، توده ها را به شش گروه تقسیم کرد. میانگین شاخص شانون 294/0 برآورد گردید. نتایج تجزیه واریانس مولکولی نشان داد که تنوع درون گونه-ها بیشتر از تنوع بین گونه هاست بطوریکه از کل تنوع ژنتیکی 88 درصد آن مربوط به درون گونه ها و 12 درصد تنوع مربوط به بین گونه ها بود. گروه بندی گونه ها به روشupgma و فاصله ژنی نی، گونه ها را به چهار گروه تقسیم کرد. فواصل ژنتیکی نی بر اساس فراوانی آللی بین گونه ها از 025/0 تا 117/0 متغیر بود. بیشترین فاصله ژنتیکی نی بین گونه t. daenensis و t. vulgarisو کمترین فاصله بین گونه t. fedtschenkoi و t.migricus دیده شد. نتایج نشان داد که گروه بندی حاصل از تجزیه خوشه ای تا حدودی با منشأ جغرافیایی مطابقت دارد. از تنوع موجود در درون و بین گونه ها می توان در برنامه های اصلاحی برای تولید هتروزیس و ایجاد روابط تکاملی و اهلی سازی گیاهان استفاده نمود.