آیات متشابه از جمله مباحث بحث برانگیز در بین دانشمندان علوم دینی بوده است. تامل در شیوه ی برخورد جناب علامه طباطبایی و صدرالمتالهین شیرازی با متشابهات قرآن این امر را روشن می سازد، که از نظر ایشان، آیات قرآن دارای ظاهر و باطن هستند و هنگام مواجهه با آیات متشابه باید به ظواهر آیات اصالت داده و از ظواهر آیات عدول نکرد. ایشان قائل اند، که باید، معنای متشابهات مطابق عقل و روایات صحیح معصومین باشد و آن جا که میان عقل و روایت صحیح، تضاد و تعارضی وجود دارد، به روایت صحیح اصالت داد و عقل را کنار گذاشت. از نظر هر دو دانشمند فهم متشابهات به افراد و ظرفیت و شایستگی ایشان بستگی دارد به عبارت دیگر، فهم متشابهات امری نسبی است. به عقیده ی ایشان، راسخان در علم، تمام معنای متشابهات را می دانند و در واقع برای ایشان متشابهی وجود ندارد. البته جناب صدرا بر اساس نظریه ی توحید خاصی، معتقد است، مراتب هستی از عالی تا پست-ترین مراتب همه بر یکدیگر ترتب وجودی دارند. بر این اساس وی معتقد است بدون آن که نیازی به تأویل آیات متشابه و یا قول به تجسیم در باب ذات باری تعالی باشیم می توان بر مبنای اصول فلسفی ـ عرفانی دیدگاه توحید خاصی، ظواهر الفاظ آیات را حفظ نموده و همه ی آیات متشابه را بر ظاهر معنای آنها حمل کرد و لفظ متشابه را توسعه معنایی داد. جناب علامه، قائل به ارجاع متشابه به محکمات است و بر اساس محکمات، متشابهات را معنا می کند و قائل است، که متشابهات نیز، پس از ارجاع به محکمات از تشابه خارج شده و محکم می گردند.