مساله اصلی تحقیق، بررسی موانع ارزیابی کنترلهای داخلی در حسابرسی مستقل در ایران است. مهمترین هدف تحقیق، شناسایی علل موانع ارزیابی کنترلهای داخلی در حسابرسی مستقل می باشد که در آن از نظرات و تجربیات شرکای موسسات حسابرسی عضو جامعه حسابداران ایران استفاده می شود. لذا با تکیه بر تحقیقات انجام شده و مطالب مطرح شده در ارتباط با موضوع، موانع ارزیابی کنترلهای داخلی مشخص گردید و بر همین اساس شش فرضیه مطرح گردید. دوره زمانی انجام پژوهش سال 1389 می باشد. این پژوهش از دسته تحقیقات پس رویدادی و روش تحقیق آن از نوع تحقیقات پیمایشی می باشد. به منظور بررسی فرضیه ها، نمونه آماری متشکل از 80 شریک موسسات حسابرسی عضو جامعه حسابداران رسمی ایران شاغل در شهر تهران به روش نمونه گیری تصادفی انتخاب گردید. پس از جمع آوری داده ها، آزمون خی دو جهت تجزیه و تحلیل اطلاعات مورد استفاده قرار گرفت و هر شش فرضیه این تحقیق مورد تایید قرار گرفت. نتایج به دست آمده از این بررسی نشان داد که به ترتیب حق الزحمه پایین قراردادهای حسابرسی، ضعف آموزش آکادمیک، نبود دستور العملهای حسابرسی مناسب، سنتی بودن سیستمهای واحدهای تجاری، مقرون به صرفه نبودن و ضعف آموزشهای حرفه ای(غیر آکادمیک) از جمله مهمترین موانع ارزیابی کنترلهای داخلی در حسابرسی مستقل در ایران است.