آویشن یک گیاه معطر و دارویی با اهمیت فزاینده در کشاورزی و اقتصاد می باشد. در این جنس هیبریداسیون بین گونه ای و تنوع مورفولوژیکی به وفور یافت می شود؛ که این امر مشکلاتی را در شناسایی گونه های جنس آویشن به وجود می آورد. بنابراین به علت وجود مشکلات در شناسایی این جنس، کاربرد نشانگرهای مولکولی به علت مستقل بودن از شرایط محیطی و دارا بودن چند شکلی بیشتر نسبت به نشانگرهای مورفولوژیکی و بیوشیمیایی در تشخیص گونه های این جنس مورد توجه قرار گرفته است. استخراج dna بر اساس روش تغییریافته خانوجا انجام گرفت. در این پژوهش 70 توده آویشن که از مناطق مختلف جمع آوری شده بود بوسیله 30 آغازگر rapd بررسی گردید. همچنین در این مطالعه 34 توده که شامل 5 گونه آویشن بودند، بوسیله 30 آغازگر rapd آنالیز شدند. آنالیز آموا و تنوع ژنتیکی شانون، تنوع ژنتیکی بیشتری را در داخل گونه ها نسبت به بین گونه ها نشان داد. با استفاده از این نشانگر 407 باند قابل امتیازدهی ایجاد شد که 320 باند چندشکلی مناسبی نشان دادند. درصد چندشکلی با میانگین 78% از 100% برای آغازگرهای b06، d05، opa2، opb5 و opz10 با بیشترین درصد چندشکلی تا 50% برای آغازگرهای d13، opb10 و opy7 با کمترین درصد چندشکلی متغیر بود. میانگین میزان اطلاعات چندشکلی (pic) در توده های مورد بررسی 25/0 محاسبه شد. ماتریس تشابه حاصل از ضریب جاکارد و دندروگرام حاصل از تجزیه خوشه ای به روش upgma به دست آمد. دندوگرام مربوطه توسط نرم افزار داروین ترسیم گردید. براساس ضرایب تشابه به دست آمده، ارزش تشابه ژنوتیپ ها دامنه ای از 45/0 تا 93/0 نشان داد و 10 گروه اصلی به دست آمد. پروفایل باندی rapd نشان داد که این نشانگر به خوبی توانسته بود که توده های آویشن را تفکیک کند و همچنین برخی از تفاوت هایی را که در اثر جدایی جغرافیایی بوجود آمده را نشان دهد. نتایج نشان داد که روش rapd حاوی اطلاعات مفید و مناسبی جهت برآورد تنوع ژنتیکی در جمعیت های آویشن است. از آنجایی که جمعیت های طبیعی آویشن یک منبع مهم ژنتیکی است، بنابراین اطلاعات تنوع ژنتیکی می تواند منبع بالقوه ای جهت مواد اصلاحی برای پیشرفت صفات تجاری در گیاه آویشن باشد.