در این تحقیق به منظور شناسایی نواحی ژنومی مرتبط با تحمل به دماهای پائین در برنج، یک جمعیت f2 متشکل از 124 بوته، حاصل از تلاقی لاین pr27137-cr153 (مقاوم به سرما) و رقم دمسیاه (حساس به سرما) در سال 1389 در مزرعه ی تحقیقاتی موسسه ی تحقیقات برنج کشور کشت و مورد ارزیابی قرار گرفت. از بین نشانگر های مورد استفاده، 20 نشانگر ssr و7 جفت نشانگر aflp چندشکلی خوبی در بین والدین داشتند. همچنین نتایج تجزیه ی پیوستگی نشان داد که نشانگر های چند شکل را می توان به 12 گروه پیوستگی منتسب نمود. ارتباط نشانگرها با صفات بر اساس روش های مکان یابی فاصله ای و مکان یابی فاصله ای مرکب ارزیابی شد. در روش مکان یابی فاصله ای 21 qtl روی 7 کروموزوم شامل 1، 2، 3، 4، ،8، 10 و12 مکان یابی شد. همچنین با استفاده از روش مکان یابی فاصله ای مرکب 23qtl برای صفات مورد نظر روی 6 کروموزوم قرار گرفت. که پنجqtl برای صفت cint (مقاومت به نکروزه شدن)، روی کروموزوم های 1، 3 (2qtl)، 10 و 12 برای صفت ciwt (مقاومت به پژمردگی)، سه qtl روی کروموزوم های 2، 8 و 12 و سه qtl برای صفت ciyt (مقاومت به زرد شدن)، روی کروموزوم های 1، 2 و 8 و برای صفت ct (مقاومت به سرما)، دو qtl روی کروموزوم های 3 و12 مکان یابی گردید، همچنین برای صفات میزان کلروفیل، سه qtl، روی کروموزوم-های 1، 8 و 10 و برای صفت درصدجوانه زنی، دو qtl روی کروموزوم های 1 و 10، و برای سرعت جوانه زنی سه qtl روی کروموزوم-های 2 (دوqtl) و 10 پیدا کردند.