در این مطالعه، نقشه پیوستگی نشانگرهای aflp در یک جمعیت f2 حاصل از تلاقی دو رقم برنج ایرانی به نام های سپیدرود و غریب تهیه و از نقشه حاصل جهت شناسایی qtlهای کنترل کننده صفات مرتبط با عملکرد دانه در جمعیت f4 حاصل استفاده گردید. طول نقشه بدست آمده از 107 نشانگر aflp، 2807 سانتی مورگان با متوسط فاصله نشانگری 48/26 سانتی مورگان بین نشانگرهای مجاور بود. تجزیه qtl بر مبنای دو روش مکان یابی فاصله ای و مکان یابی فاصله ای مرکب نشان داد که در روش مکان یابی فاصله ای در مجموع 38 فاصله واجد qtl کنترل 11 صفت موجود را بر عهده داشتند. از این تعداد، سه qtl برای تعداد دانه در خوشه، چهار qtl برای تعداد دانه پر در خوشه، سه qtl برای تعداد خوشه چه پوک در خوشه، دو qtl برای وزن هزار دانه، سه qtl برای عملکرد دانه، چهار qtl برای ارتفاع بوته، سه qtl برای طول خوشه، دو qtl برای تعداد خوشه در بوته، سه qtl برای نرخ باروری، شش qtl برای تعداد روز تا 50% گل دهی و پنج qtl برای تعداد روز تا رسیدگی مکان یابی گردیدند. همچنین در روش مکان یابی فاصله ای مرکب در مجموع تعداد 30 فاصله نشانگری واجد qtl برای 11 صفت مورد بررسی مکان یابی گردید. از این تعداد، یک qtl برای تعداد دانه در خوشه، یک qtl برای تعداد دانه پر در خوشه، سه qtl برای تعداد خوشه چه پوک در خوشه، سه qtl برای وزن هزار دانه، سه qtl برای عملکرد دانه، چهار qtl برای ارتفاع بوته، سه qtl برای طول خوشه، سه qtl برای تعداد خوشه در بوته، دو qtl برای نرخ باروری، چهار qtl برای تعداد روز تا 50% گل دهی و پنج qtl برای تعداد روز تا رسیدگی مکان یابی گردیدند. در این مطالعه qtlهای qph-2، qpl-2، qhg-12، qhd-3، qmd-3 و qfg-11 به عنوان qtlهای بزرگ اثر برای صفات ارتفاع بوته، طول خوشه، خوشه چه پوک در خوشه، روز تا گل دهی، روز تا رسیدگی کامل و تعداد دانه پر در خوشه شناخته شدند. سایر صفات qtl یزرگ اثری برای بیان نداشتند. همچنین نشانگرهای e35-m59-2، e35-m90-1، e35-m93-1، e35-m42-4، e32-m44-1 و e35-m42-4 به عنوان نشانگرهای پیوسته با qtlهای بزرگ اثر یاد شده می توانند در برنامه های آتی به نژادی به کمک نشانگر به کار روند. qtlهای مکان یابی شده بر روی برخی از نواحی کرومزومی خاص، درصد بالایی از تنوع فنوتیپی را برای صفات یاد شده توجیه می کردند که این امر امکان استفاده آنها را در برنامه اتخاب به کمک نشانگر (mas) میسر می سازد.