نام پژوهشگر: سمانه فاضلی فارسانی

تعیین میزان بیان ژن در آزمایش های ریزآرایه با استفاده از روشهای نرمال سازی
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه فردوسی مشهد - دانشکده فنی و مهندسی 1390
  سمانه فاضلی فارسانی   محمود اخوان مهدوی

بیان ژن، پدیدهای حیاتی در سایر موجودات زنده میباشد. ارزیابی این پدیده میتواند در سه سطح کلی ترنسکریپتومیکس، پروتئومیکس و متابولومیکس انجام گیرد. از ارزشمندترین روشها در سطح ترنسکریتومیکس، تکنولوژی ریزآرایهها بوده که قادرند بیان دهها هزار ژن را بطور همزمان اندازهگیری کنند. اما آزمایشات ریزآرایه، از ابتدا تا انتها، در معرض تغییرات ناخواسته ای بوده که ناشی از بایاسها یا ناهماهنگیهای آزمایشگاهی و تکنیکی میباشند. جهت حذف یا حداقل کردن برخی از تغییرات، روشهای آماری با عنوان نرمالسازی استفاده میشود. این روشها با فرضیات آماری و بیولوژیکی متفاوت، سعی در حذف یا کاهش بایاسهای مختلف نظیر بایاس ناشی از رنگ، وابسته به شدت رنگ، اثرات فضایی و مقیاس دارند. نرمال سازی، بعد از انجام آزمایش ریزآرایه، تولید داده و پردازشهایی نظیر تصحیح پیش زمینه انجام خواهد گرفت. در ابتدا با استفاده از نمودارهایی مانند نمودارهای جعبهای، پراکنش، فضایی و چگالی به بررسی ویژگیهای داده، شناسایی انواع مختلف بایاس و انتخاب آرایههای لازم جهت آنالیز پرداخته میشود. ده روش نرمالسازی به صورت منفرد یا ترکیبی جهت پردازش دو مجموعه داده cdna، آزمایشهای swirl و apoai، در نظر گرفته شده و مقایسه آنها با کمک بررسی تغییرات درون و بین آرایهها و تأثیر نرمالسازی در انتخاب ژنهایی که به صورت متفاوت بیان میشوند، انجام میگیرد. نتایج آنالیزهای انجام گرفته نشان داد که روش نرمالسازی twodloess، به صورت منفرد و ترکیبی با روش های نرمالسازی بین آرایهای مقیاس و کوانتیل بهترین عملکرد را خواهد داشت.