ژن?های کازئین?های شیر(آلفا اس1، آلفا اس2، بتا و کاپاکازئین) به صورت مجموعه ژنی به طول kb200 درناحیهq31-33 کروموزوم 6 گاو قرار دارد. این چهار ژن، به هم پیوسته می?باشند و به ترتیب ژن?های آلفا اس1 کازئین، بتاکازئین، آلفا اس2 کازئین و کاپاکازئین قرار دارند. سه ژن اول بسیار به هم نزدیک بوده ولی ژن کاپاکازئین حدود kb 70 دورتر از آن ها قرار دارد. پروتئین کاپاکازئین حدود 12% از کل کازئین شیر گاو را تشکیل می?دهد 169 اسید آمینه داشته و وزن مولکولی 19000 دالتون دارد. دو نوع مولکول کاپاکازئین در شیر گاوهای هلشتاین وجود دارد آلل a دارای ترئونین و آسپارتیک? اسید در موقعیت 136 و 148 و آلل b دارای ایزولوسین و آلانین در این موقعیت?ها می?باشد. جهت بررسی چند شکلی ژن کاپاکازئین از تعداد 408 گاو شیری در پنج گاوداری انتخاب شده به صورت تصادفی به عنوان نمونه خونگیری به عمل آمد. سپس استخراج dna به روش نمکی از نمونه خون های به دست آمده انجام گرفت و کیفیت و خلوص dna به دست آمده با روش الکتروفورز و اسپکتروفتومتری تعیین گردید. سپس قطعه 633bp از ژن کاپاکازئین با یک جفت پرایمر اختصاصی و به وسیله pcr تکثیر شد و محصول pcr جهت تعیین اندازه و کمیت روی ژل آگارز یک درصد tae الکتروفورز شد. قطعه تکثیر شده به وسیله آنزیم برشی hind iii به مدت 10 الی 14 ساعت در دمای 37 درجه سانتی گراد هضم گردید و روی ژل آگارز 5/1 درصد tbe الکتروفورز و تعیین ژنوتیپ گردید. فراوانی سه ژنوتیپ aa، ab و bb به ترتیب برابر 667/0، 229/0 و 033/0 به دست آمد. همچنین فراوانی آلل های a و b به ترتیب برابر 817/0 و 183/0 به دست آمد. در میان گله ها گله 1 با فراوانی 91/0 بیشترین و گله 3 با 771/0 کمترین فراوانی آلل a را داشتند. همه گله ها در تعادل هاردی واینبرگ قرار داشتند. همچنین شاخص شانون و نئی نشان داد که گله یک دارای کمترین و گله سه دارای بیشترین تنوع ژنتیکی در بین گله های مورد بررسی بود. مقدار picبرابر 254/0 به دست آمد که نشانگر توانایی متوسط نشانگر برای تفکیک ژنوتیپ ها می باشد. در مرحله بعد با نرم افزار آنالیز داده sas رویه mixed ارتباط بین ژنوتیپ و صفات مهم اقتصادی دام ها بررسی شد. آنالیزهای آماری صورت گرفته روی تاثیر ژنوتیپ های مختلف این ژن روی صفات مهم تولیدی و تولید مثلی نشان داد که چندشکلی این ژن با صفات درصد چربی، درصد پروتئین و طول دوره شیردهی ارتباط معنی داری داشت (05/0p<). ولی با صفات تولید شیر تصحیح شده، طول آبستنی، تعداد تلقیح و scs ارتباط معنی داری نداشت (05/0p>). هر چند تمایل به معنی داری با scs دوره اول مشاهده شد (07/0p=). افراد ab دارای درصد چربی و پروتئین بالاتری نسبت به افراد aa بودند. طول دوره شیردهی ژنوتیپ ab به طور میانگین بیشتر از ژنوتیپ aa بود (01/0p<). بنابراین اگر هدف، انتخاب به منظور بهبود این صفات باشد، می توان با تعیین ژنوتیپ گوساله در هنگام تولد نسبت به نگه داری یا حذف آن دام اقدام و در زمان و هزینه صرفه جویی نمود.