گیلاس جزء میوه های هسته دار مناطق معتدله است که از نظر اقتصادی جایگاه ویژه ای در بین سایر میوه ها دارد و محصول تولیدی آن بصورت تازه خوری و یا فرآوری شده مصرف می شود. سطح زیر کشت گیلاس و آلبالو در ایران طی سال های اخیر روند رو به رشد داشته است و از نظر میزان تولید تا سال 2007 پس از ترکیه و آمریکا قرار داشته است. در سال های اخیر برای اصلاح گیلاس، آلبالو و بخصوص اصلاح پایه های پاکوتاه این دوگونه تحقیقات زیادی صورت گرفته است و از جمله اهداف اصلاحی برای گیلاس ایجاد ارقامی با تاج متراکم و قابلیت خود سازگاری و دیرگلده است. از پایه های مورد استفاده برای گیلاس در ایران می توان به مازارد، کلت، آلبالو و محلب اشاره کرد. گیلاس محلب با دارا بودن ریشه های نیمه نفوذی در خاک های ضعیف و خشک به خوبی رشد می کند، تحمل نسبتا بالایی به کمبود روی درخاک وکمبود آهن در خاک های آهکی دارد و ریشه آن در دمای پایین تری نسبت به دیگر پایه ها دچار سرمازدگی می شود. بنابراین گیلاس محلب می تواند یک پایه مناسب برای گیلاس در شرایط اقلیمی ایران باشد. در این تحقیق به منظور ارزیابی تنوع ژنتیکی 58 ژنوتیپ گیلاس محلب و شش ژنوتیپ گیلاس شیرین جمع آوری شده از مناطق مختلف ایران از دو تکنیک مبتنی بر آغازگرهای ریزماهواره ای کلروپلاست cpssr و srap استفاده گردید. از بین 25 جفت آغازگر cpssr مورد استفاده، 13 جفت آغازگر به دلیل ایجاد چند شکلی مناسب، کارآمد تشخیص داده شدند. تعداد آلل های تکثیر شده توسط هر کدام از این جفت آغازگرها از دو تا چهار آلل متغیر بود. متوسط تعداد آلل ها در هر مکان ژنی 46/2 و میزان هتروزیگوسیتی مورد انتظارو محتوای اطلاعات چند شکل وشاخص شانون در ژنوتیپ های محلب مورد بررسی به ترتیب 42/0، 32/0 و 57/0 بود. مطابق دندروگرام رسم شده با اطلاعات حاصل از نشانگر های cpssr با استفاده از مدل بیشترین احتمال مرکب و روشneighbor-joining در نرم افزار mega4 ژنوتیپ ها به چهارگروه تقسیم بندی شدند. با استفاده از اطلاعات مورفولوژیک قابل دسترس از ژنوتیپ ها به همراه نتایج بدست آمده از نشانگر cpssr مشخص شد گروه شماره یک دندروگرام cpssr دارای ژنوتیپ های پاکوتاه و دیرگلده هستند. همانگونه که ذکر شد یکی از مهمترین اهداف اصلاحی در گیلاس معرفی پایه های پاکوتاه و دیرگلده است. بنابراین انتخاب پایه های جدید با صفت پاکوتاهی و دیرگلده از داخل ژنوتیپ های موجود در گروه های شماره یک با اطمینان بیشتری نسبت به سایر گروه ها همراه است. هدف از استفاده نشانگر srap در این پژوهش سنجش توانایی این نشانگر در تفکیک گونه ها و تعیین تنوع در درون ژنوتیپ ها بود. در این روش از 30 ترکیب آغازگر srap به کار رفته، 13 ترکیب آغازگر تکثیر چند شکل داشتند که در مجموع 55 نوار چند شکل تولید کردند. میزان محتوای اطلاعات چند شکل، هتروزیگوسیتی مشاهده شده و شاخص شانون به ترتیب برابر 42/0، 4/0 و 58/0 محاسبه شد. با استفاده از نرم افزار ntsys pc 2.02e با ماتریس شباهت دایس و روش upgma دندروگرام ژنوتیپ هابر اساس داده های srap ترسیم گردید و تفکیک دو گونه ی گیلاس محلب و گیلاس شیرین و گروه بندی متفاوتی با cpssr مشاهده شد. با مقایسه دو سیستم نشانگری مشخص شد که هر دو نشانگر و همچنین تجزیه وتحلیل ترکیب داده های هر دو نشانگر قادر به تفکیک گونه ی گیلاس محلب (p.mahaleb) از گونه ی گیلاس شیرین (p.avium) هستند و دراین امر عمکرد مشابهی دارند. عملکرد این دو نشانگر در تفکیک و گروهبندی ژنوتیپ ها قدری با هم متفاوت بود که به ماهیت دو نشانگر مرتبط میشد. ترکیب داده ها نیز با بکارگیری ماهیت هر دو نشانگر به صورت ترکیبی توانست گروه بندی دقیقتری در بین ژنوتیپ ها به معرض نمایش قرار دهد. تجزیه و تحلیل amova نشان داد که تعداد آلل ها بین گروه ها و گونه ها بیشتر از درون گروه ها می باشد. نتایج حاصل از دو نشانگر در این مطالعه نشان داد که این دو نشانگر می تواند برای شناسایی تفاوت ها در بین و درون گونه ها استفاده شوند. واژه های کلیدی: پایه گیلاس، پایه پاکوتاه، گیلاس محلب، ریزماهواره های کلروپلاستی، srap، cpssr