غرقابی یکی از مشکلات کشت پنبه در مناطق پرباران می باشد به طوری که با وقوع بارندگی دراوایل فصل بهار در مزارع فاقد زهکش مناسب، غرقابی ایجاد می گردد. همچنین با وقوع بارش دمای خاک و محیط نیز کاهش می یابد که این عمل اثرات نامطلوبی بر قدرت بذر و رشد پنبه می گذارد. به منظور بررسی اثرات طول دوره غرقابی و دما بر قدرت بذر و رشد پنبه دو آزمایش جداگانه درآزمایشگاه و گلخانه دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی گرگان اجرا گردید. تیمارهای آزمایشی شامل طول دوره غرقابی ( 0، 48،24 و 96 ساعت)و دما ( 16 ،20 و 25 درجه سانتی گراد) بودند. نتایج بخش آزمایشگاهی نشان داد که اثر طول دوره غرقابی و دما بر مولفه های جوانه زنی و رشد گیاهچه معنی دار بود به طوری که با افزایش طول دوره غرقابی از 0 به 96 ساعت و کاهش دما از 25 به 16درجه سانتی گراد از سرعت جوانه زنی، وزن خشک گیاهچه و درصد گیاهچه نرمال در پنبه کاسته گردید اما اثر متقابل طول دوره غرقابی و دما بر درصد جوانه زنی معنی دار نبود. نتایج بخش گلخانه نیزنشان داد که سطح برگ?ارتفاع و وزن خشک بوته? کلروفیل و نسبت فلورسانس متغیر به فلورسانس حداکثر? با افزایش طول دوره غرقابی و کاهش دما کاهش یافتند گرچه اثرمتقابل طول دوره غرقابی ودما تنها بر سطح برگ? ارتفاع و وزن خشک بوته معنی دار بود. نتایج نشان داد که آنزیم های الکل ? دهیدروژناز و فروکتوز 1و 6 بیس فسفات آلدولاز تحت تاثیر طول دوره غرقابی و دما قرار گرفتند اما اثر متقابل طول دوره غرقابی و دما تنها بر فعالیت آنزیم فروکتوز 1و 6 بیس فسفات آلدولاز معنی دار بود. همچنین همبستگی مثبت و معنی داری بین همه فاکتورها در بخش گلخانه به غیر از فعالیت آنزیم ها مشاهده شد. بنابراین می توان نتیجه گیری نمود که در شرایط غرقابی، با کاهش دما جوانه زنی و رشد پنبه نیز کاهش می یابد. همچنین با توجه به اینکه فعالیت آنزیم های الکل دهیدروژناز و فروکتوز 1و 6 بیس فسفات آلدولاز در شرایط غرقابی روند افزایشی را نشان می دهد می توان از این دو آنزیم به عنوان مارکر و نشانگر مناسب جهت تعیین ارقام وژنوتیپ های مقاوم به غرقابی استفاده نمود. واژه های کلیدی: غرقابی، دما، قدرت بذر و رشد پنبه، آنزیم های گلیکولیتیک- تخمیری