تهاجم و گسترش بی رویه جانداران غیربومی یک خطر جدی برای تنوع زیستی بشمار می‎آید، بطوریکه اتحادیه بین المللی حفظ طبیعت گونه های خارجی مهاجم را به همراه تغییرات اقلیمی و تخریب زیستگاه ها از عوامل عمده از بین رفتن تنوع زیستی معرفی نموده است. سالیانه 350 میلیارد دلار در کل دنیا برای از بین بردن این گونه های خارجی هزینه می گردد. علف‎های هرز آبزی از قبیل جنس های myriophyllum، cabomba و ludwigiaو خانواده hydrocharitaceae مثال هایی از گونه های خارجی مهاجم هستند که به علت گسترش آسان و سریع از طریق آب‎های آزاد مشکلات عدیده‎ای را ایجاد می‎کنند. روش های مختلفی از قبیل زراعی و شیمیایی برای کنترل این گیاهان مورد استفاده قرار می گیرد. حتی با ارائه تمام تحقیقات مورد نیاز برای کنترل یک گیاه غیربومی، از ریشه‎کن شدن آن بطور کامل نمی‎توان اطمینان حاصل کرد. به همین دلیل مطمئن‎ترین روش در کنترل گیاه غیربومی، شناسایی و جلوگیری از ورود آن گیاه به منطقه جدید می‎باشد که البته تشخیص گونه‎های نزدیک بهم از لحاظ مورفولوژیکی همیشه امکان پذیر نمی باشد. در این موارد روش بارکدگذاری dna که به خاطر پتانسیل بالای آن در تشخیص و شناسایی گونه‎ها، ابزاری جدید و جذاب در پژوهش های تاکسونومی به شمار می رود، می تواند جایگزین روش های سنتی گردیده و در شناسایی گونه های مهاجم حتی در مرحله بذری موثر واقع شود. در مطالعه حاضر 351 نمونه علف هرز متعلق به 76 گونه شامل 21 جنس از شش خانواده مختلف در دانشگاه واگنینگن هلند مورد بررسی قرار گرفت. در این مطالعه سعی بر این بود تا با استفاده از هفت مکان ژنی کدکننده matk ، rbcl، ycf5، ndhj، accd، rpob و rpoc1 و یک منطقه بین ژنی غیرکدکنندهtrnh- psba بارکد مناسب برای گیاهان مورد مطالعه معرفی نمود تا بتوان راهکاری برای تشخیص گیاهان مهاجم از بومی هلند و به تبع آن حفظ جمعیت بومی منطقه ارائه داد. بر اساس نتایج تفکیک گونه ای موفق در گونه های آبزی بررسی شده (2/96 درصد، 2/94 درصد و 8/96 درصد بترتیب برای trnh-psba، rbcl و matk) بنظر می رسد که سرمایه گذاری روی تکنیک بارکدگذاری dna می تواند ابزار قوی برای تشخیص و تفکیک نمونه های گیاهی را در اختیار پژوهشگران قرار دهد. بویژه زمانیکه از لحاظ مورفولوژیکی تشخیص گونه ها از یکدیگر مشکل باشد می توان از بارکدگذاری dna بهره جست. نتایج نشان داد که از بین مناطق بررسی شده مکان کلروپلاستی بین ژنی غیرکدکنندهtrnh- psba بدلیل درجه عمومیت بالا، قابلیت تکثیر و قدرت تفکیک بالای گونه ای در اکثر گونه های بررسی شده قادر به تفکیک گونه های بومی و مهاجم می باشد. بنابراین در اکثر آنها، تک مکان بین ژنی غیر کدکننده trnh-psba بعنوان بارکد مناسب معرفی گردید

استفاده از روش های نوین زیست فناوری از جمله کشت بافت و باززایی گیاه و به ویژه توسعه ی روش های انتقال ژن در کنار روش های اصلاحی متداول، به یک ابزار ضروری برای اصلاح گیاهان تبدیل شده است. یونجه یکی از گیاهان علوفه ای بسیار مهم و همچنین یک گیاه مدل برای مطالعات ژنتیک مولکولی است. انتقال ژن از طریق آگروباکتریوم یکی از مناسب ترین و کارآمدترین روش های انتقال ژن به یونجه به حساب می آید. بنابراین این پژوهش به منظور بهینه سازی شرایط رشد درون شیشه ای ریزنمونه ی نوک ساقه ی رقم همدانی یونجه و همچنین تأثیر امواج فراصوت بر تراریختی آن به کمک آگروباکتریوم انجام شده است. در بین ترکیبات مختلف هورمونی مورد ارزیابی، محیط کشت ms حاوی 1/0 میلی گرم در لیتر ibaبه همراه 1 میلی گرم در لیتر tdz از نظر مجموع صفات درصد ساقه دهی (66/66)، درصد ریزنمونه با ساقه ی چندگانه (1/38) همراه با کمترین درصد شیشه ای شدن (صفر) به عنوان بهترین ترکیب برای رشد ریزنمونه های نوک ساقه بود. بررسی تأثیر مدت زمان اعمال تیمار امواج فراصوت (صفر تا 50 ثانیه) بر پاسخ درون شیشه ای ریزنمونه های نوک ساقه ی یونجه، نشان داد که با اعمال تیمار امواج فراصوت درصد ساقه دهی ریزنمونه ها کاهش، ولی درصد کالوس زایی ریزنمونه ها به طور معنی داری افزایش یافت. با این حال، زمان 30 ثانیه ی امواج فراصوت از نظر مجموع صفات تعداد ساقه در هر ریزنمونه و درصد ساقه دهی همراه با کمترین درصد کالوس زایی و درصد شیشه ای شدن نسبت به سایر تیمارهای فراصوت نتیجه ی بهتری را مهیا نمود. لذا بازه ی زمانی صفر الی 50 ثانیه ی امواج فراصوت به منظور بررسی تأثیر آن بر انتقال ژن توسط آگروباکتریوم تومه فاسینس مورد استفاده قرار گرفت. بر اساس نتایج حاصل از آزمایش تراریختی، بیشترین درصد ریزنمونه های دارای بیان موقتgus در سویه ی lba4404آگروباکتریوم تومه فاسینس و بافر امواج فراصوتms (با 21% ساکارز) در دوره های زمانی کوتاه امواج فراصوت (15ثانیه) به دست آمد. سویه ی lba4404 در زمان 5 ثانیه ی امواج فراصوت از نظر درصد ساقه های مقاوم به کانامایسین (پس از گذشت 8 الی 11 هفته) نسبت به سایر ترکیب های تیماری برای تراریختی پایدار یونجه از کارایی بالاتری برخوردار بود.