چکیده روش، تعیین کننده ماهیت هر علم است. فلسفه از جمله علومی است که روش شناسی در آن بسیار اهمیت دارد؛ زیرا گاه روش مورد استفاده یک فیلسوف در حل مسائل فلسفی مکتبی خاص به وجود می آورد؛ آنچنانکه ابن سینا را به علت استفاده از روش عقلی و استدلال و براهین عقلی فیلسوف مشایی نامیده اند و ملاصدرا نیز به دلیل جمع بین روش عقلی و کشفی و نقلی در حل مسائل فلسفی بنیان گذار مکتب حکمت متعالیه شده است. در این پژوهش پس از بیان روش این دو فیلسوف به بررسی روش شناسی نمونه هایی از بحث الهیات و سپس مقایسه روش این دو فیلسوف می پردازیم. بررسی روش های مورد استفاده مشخص می کند که مزایای استفاده از هریک از روش های مذکور در فلسفه چیست. روش تحقیق در این پژوهش به صورت کتابخانه ای بوده است. آنچه از این تحقیق به دست می‏آید روش مقبول ابن سینا و ملاصدرا در الهیات بالمعنی الاخص و جایگاه استفاده از عقل و نقل وکشف در آثار و افکار ملاصدراست. ابن‏سینا به جز قیاس ها و براهین عقلانی از شیوه دیگری در اثبات مسائل فلسفی استفاده نمی کند. ملاصدرا هرچند در اثبات برخی مسائل از کشف و نقل علاوه بر عقل بهره برده است، تا حد امکان ابتدا آن مسئله را اثبات عقلانی کرده که مورد قبول همگان قرار گیرد و پس از آن برهان کشفی یا نظر عرشی خاص خود را که تنها توسط پاکان و نیکان درک می-شود آورده است. او کمتر از دلایل نقلی برای اثبات مسائل فلسفی بهره برده است، اما نقل و شریعت راهنمای او در پذیرش یافته های عقل و کشف است.