طراحی منطقی دارو یک روش مهم در تهیه ی ساختارهای جدید دارویی می باشد. دانشمندان علم شیمی دارویی از اصول طراحی منطقی دارو برای ارتقاء بخشیدن به کیفیت درمانی داروها استفاده می کنند. یک روش مرسوم در ایجاد ساختارهای جدید دارویی ایجاد بیوایزوسترهای مختلف یک دارو است؛ به این معنی که یک بخش از ساختمان دارو را با گروه های عاملی مشابه (از لحاظ ساختار فضایی، پخش بار الکترونی و...) جابجا می کنند. روش دیگری که در طراحی منطقی دارو وجود دارد ترکیب کردن گروه های عاملی داروهای با خواص مشابه جهت ایجاد داروهای با کیفیت درمانی برتر می باشد. در فصل اول این پایان نامه سعی شده است تا از چنین روشی برای تهیه ی یک ساختار جدید مولکولی بر پایه ی گروه های عاملی دو داروی ریتالین و مودافینیل(داروی بیدارباش) استفاده شود