واکنش گیاهان به تنش شوری و سایر تنش های محیطی از جمله مباحث مهم در علوم گیاهی است. درک و دریافت تنش شوری در گیاهان و پاسخ های فیزیولوژیکی و بیوشیمیایی آن ها به عواملی مثل ژنوتیپ، سطح رشد و نموی گیاه و همچنین شدت تنش بستگی دارد. وابستگی کشاورزی مدرن به آبیاری و استفاده از کود های شیمیایی، نگرانی های زیادی در خصوص شوری حاصل از تجمع یون کلر در خاک ها و سمیت آن در گیاهان ایجاد نموده است. یون کلر به عنوان یک عنصر غذایی کم مصرف تقریبا به مقدار 3/0 تا 1 میلی گرم در وزن خشک برای رشد مطلوب گیاه مورد نیاز است. در حالی که تجمع کلر در دانه ها و میوه ها بسیار کم است، شاخ و برگ گیاه مقادیر قابل توجهی از این عنصر را مخصوصا زمانی که میزان یون کلر در خاک زیاد است برداشت می کنند. تحمل به شوری به طور گسترده بین گونه های گیاهی و ارقام آن متفاوت است، برای مثال گیاهان غیر چوبی مثل گیاه توتون تحمل به کلر خوبی دارند و به فراوانی آن را از خاک جذب می کنند، در حالی که بسیاری از گیاهان چوبی مانند مرکبات به غلظت بالای کلر و سمیت حاصل از آن بسیار حساس هستند. آستانه تحمل به غلظت کلر در گونه های حساس (mg/g dm) 7-4 و در گونه های مقاوم (mg/g dm)50-15 گزارش شده است. همچنین غلظت زیاد کلر در توتون باعث کاهش الاستیسیته در برگ ها شده و اثرات نا مطلوبی بر سوزش برگ توتون دارد. از سوی دیگر افزایش بازدهی محصولات کشاورزی در پاسخ به مصرف کود های کلر دار در بسیاری از گیاهان زراعی مانند گندم، جو، سیب زمینی، چغندر قند و توتون گزارش شده است. به نظر می رسد که افزایش رشد و تولید محصول به واسطه نقش یون کلر در بازدارندگی یا سرکوب بیماری های ریشه و برگ در گیاهان باشد. البته چنین پاسخی در غلظت های پایین تر از حد بحرانی (critical nutrient range) کلر در گیاهان زراعی حاصل می شود. مکانیسم های توصیف کننده مقاومت به تنش شوری در گیاهان اغلب به فعالیت توام یون کلر با کاتیون همراه آن (اغلبna+) نسبت داده می شود، از این رو در خصوص اثرات اختصاصی شوری حاصل از یون کلر به ویژه در سطح سلولی اطلاعات بسیار اندک است. سریع ترین و قابل مشاهده ترین پاسخ گیاه به تنش های محیطی معمولا در سطح سلولی و مولکولی با بررسی پاسخ های بیوشیمیایی که با تغییر در مسیر های متابولیسمی گیاه همراه است انجام می شود.