آویشن (thymus spp)یکی از گیاهان مهم دارویی است که در صنایع غذایی، دارویی، بهداشتی و آرایشی کاربرد دارد. اولین قدم برای کارهای اصلاحی آویشن، اطلاع از تنوع ژنتیکی و روابط خویشاوندی بین توده های مختلف آن است. در این تحقیق 13 نمونه از گیاه دارویی آویشن، مورد ارزیابی های مورفولوژیکی، شیمیایی و مولکولی قرار گرفتند. بر اساس تجزیه واریانس صفات مورفولوژیک تفاوت معنی داری بین نمونه ها مشاهده شد. با توجه به دندروگرام حاصل از تجزیه خوشه ای صفات مورفولوژیک، نمونه ها در دو دسته کلی قرار گرفتند. به منظور ارزیابی تنوع مولکولی نمونه های آویشن، dna ژنومی به صورت بالک با استفاده از روش ctab گیاهان دارویی با کمی تغییرات، استخراج گردید. برای انجام pcr از 20 آغازگر استفاده گردید که تنها 9 آغازگر باندهای واضح و تکرارپذیر را نشان دادند. از مجموع 149 باند تولید شده 124باند (22/83%) چندشکل بودند. آنالیز داده ها با برنامه هایpopgene و spssانجام و دندروگرام بر پایه upgma ترسیم شد. دندروگرام ترسیم شده در فاصله ژنتیکی 85% سه گروه اصلی را بین 13 نمونه مشخص کرد. به منظور ارزیابی تنوع شیمیایی، اسانس نمونه ها به وسیله دستگاه کلونجر با روش تقطیر با بخار آب به دست آمد. بر اساس تجزیه واریانس صفات شیمیایی تفاوت معنی داری بین نمونه های آویشن مشاهده شد. با توجه به دندروگرام حاصل از تجزیه خوشه ای صفات شیمیایی نمونه ها در دو دسته قرار گرفتند. با استفاده از نرم افزار statistica v5.5a ماتریس صفات مورفولو‍‍‍ژیکی و شیمیایی به دست آمد و در نرم افزار genalex 6.1 با ماتریس شباهت مولکولی مقایسه شدند. همبستگی بین ماتریس های مورفولوژیکی و مولکولی (999/0)، مورفول‍وژیکی و شیمیایی (987/0) و بین ماتریس شیمیایی و مولکولی (988/0) به دست آمد که بیانگر همبستگی بسیار قوی بین این ماتریس ها بود. به طور کلی بررسی تنوع در ژنوتیپ های آویشن با استفاده از نشانگر rapd نشان داد که این مارکر در شناسایی نواحی چندشکلی و تخمین فاصله ژنتیکی و مدیریت ژرم پلاسم می تواند مفید باشد.