هدف از نوشتار حاضر بررسی مبانی فقهی و حقوقی فتوای حضرت امام خمینی(س) مبنی بر جواز تغییر جنسیت می باشد. در این رساله پس از گذر از کلیات که در بردارنده مسائلی مانند بیان مسأله، ضرورت و اهمیت آن و پیشینه موضوع می باشد به موضوع شناسی مسأله تغییر جنسیت و مسائل مربوط به هویت جنسی و اختلالات آن پرداخته شده است. در بخش حقوقی، رویه قضایی کشورها در این زمینه مورد پژوهش قرار می گیرد. در زمینه مشروعیت یا عدم مشروعیت تغییر جنسیت به ذکر ادله موافقین و مخالفین در این زمینه پرداخته شده و نظرات هر گروه به طور مبسوط مورد بررسی قرار می گیرد. در ادامه، اثر تغییر جنسیت بر امور مدنی و جزایی این افراد مانند عبادات، نکاح، مهریه، ولایت، عناوین خانوادگی، ارث و حدود و دیه مورد بررسی قرارگرفته و نظر حضرت امام خمینی(ره) در هریک از این موارد بیان شده است.به طور خلاصه می توان گفت : تمام فقهای شیعه قائل به جواز تعیین جنسیت در خنثای فیزیکی هستند و مخالفی در این زمینه وجود ندارد اما در مورد افراد ترانسکسوال(خنثای روانی) نظرات از مشروعیت مطلق تا ممنوعیت مطلق متغیر است و هر گروه نیز دلایلی برای اثبات نظر خود ارائه کرده اند. حضرت امام خمینی(س) قائل به مشروعیت مطلق تغییر جنسیت می باشند. از نظر اهل سنت عمل جراحی تغییر جنسیت تنها در خنثای بدنی و فیزیکی جایز است اما انجام آن در افراد ترانسکسوال حرام می باشد. به طور کلی می توان گفت چون علم پزشکی این وضعیت را به عنوان یک بیماری تلقی نموده است و بنا بر سیره عقلا که مورد تایید شارع و قانون گذار نیز می باشد مبنی بر اینکه هر بیماری حق دارد خود را معالجه نماید می توان چنین نتیجه گرفت که انجام عمل تغییر جنسیت در این افراد فی نفسه جایز است اما انجام آن در افراد عادی که علایم جنسی بدنشان با تمایلات روانیشان همخوانی دارد به علت وارد شدن ضررهای فراوان و غیر قابل جبران روحی و جسمی جایز نمی باشد. کلید واژه ها : جنسیت- هویت جنسی- اختلال هویت جنسی- انحراف جنسی- خنثی