در این مطالعه، به منظور بدست آوردن منشاء، نحوه شکل گیری و ساختار ژنتیکی اسب های بومی ایران نمونه-های خون از 95 رأس اسب از جمعیت های متعدد نقاط مختلف کشور بدست آمد. کل نمونه ها با استفاده از روش شستشوی نمکی استخراج شده و بعنوان الگو برای تکثیر و تعیین توالی ناحیه d-loop ژنوم میتوکندری بکار برده شدند. با آنالیز توالی قطعه 247 جفت بازی ناحیه d-loop ژنوم میتوکندری در نمونه-های فوق، 44 هاپلوتیپ به همراه 39 جایگاه متغیر مشخص شد. هفت هاپلوگروه اصلی (a تا g) بدست آمده برای اسب های موجود در نقاط مختلف جهان به همراه 17 زیرشاخه مرتبط با این هاپلوگروه ها در 95 توالی بدست آمده از اسب های بومی ایران مشاهده شدند. زیرشاخه های a2 و a5 در هاپلوتیپ های بدست آمده از جمعیت های اسب بومی ایران مشاهده نشدند. از هاپلوگروه های بدست آمده بیشترین فراوانی مربوط به هاپلوگروه های a و f در این جمعیت ها بودند. تنوع هاپلوتیپی و نوکلئوتیدی جمعیت ها به ترتیب در دامنه ای بین 058/0 ± 858/0 تا 018/0 ± 995/0 و 010/0 ± 018/0 تا 009/0 ± 028/0 قرار داشتند. آنالیز واریانس مولکولی نشان داد که نحوه تلاقی بین جمعیت های اسب در ایران کنترل شده نیست. با این وجود، برخی از این جمعیت ها، بخصوص نمونه های اسب سیستانی، با سایر جمعیت های مورد مطالعه قرابت ژنتیکی نشان دادند (05/0=p). با توجه به وجود و فراوانی هاپلوگروه های a و f در جمعیت های مورد مطالعه و همچنین وجود آثار باستانی مرتبط با اسب در ایران، می توان گفت که سابقه تاریخی و قدمت اسب در ایران به بیش از 3000 سال قبل از میلاد مسیح برمی گردد. نتایج بدست آمده از این مطالعه فرضیه شکل گیری جمعیت های اسب موجود در نقاط مختلف جهان از جمعیت های اولیه مادری مختلف را تأیید کرده و نشان می دهد که این واقعه به صورت جداگانه در نقاط مختلف جهان از جمله ایران اتفاق نیافتاده است. همچنین مشخص شد که جمعیت اسب های بومی کشور دارای تنوع ژنتیکی بالا و خطوط مادری مختلف بوده، هرچند ساختار ژنتیکی مشابه در برخی از این جمعیت ها مشاهده می شود.