به منظور بررسی تنوع آللی زیرواحدهای گلوتنین با وزن مولکولی بالا و تعیین کیفیت آرد گندم در مجموع بالغ بر 17 هزار داده مورد مشاهده و اندازه گیری قرار گرفت. نمونه های مختلف گندم مربوط به سال های 1387- 1383؛ از اقلیم های سرد و معتدل در شرایط محیطی متفاوت از نظر ویژگی های کیفی و الکتروفورز مطالعه شدند. 280 لاین و رقم اصلاحی گندم نان و 35 متغییر مطالعه گردید. از صفات مورد مطالعه، 15 صفت مربوط به آزمایشات کیفی دانه، آرد و خمیر گندم نان بود. 19 متغییر نیز جوانب مولکولی و تغییرات آللی را به تصویر کشیدند. ژنوتیپ های مورد بررسی 29% مربوط به گندم های منطقه سرد و 71% مرتبط با اقلیم معتدل بود. در این میان، 63 درصد لاین های گندم از ژنوتیپ های آزمایشات پیشرفته (ar)و 37 درصد از آزمایشات لاین های امید بخش یا الیت (er) بودند. در سیکل اصلاح غلات آزمایشات ar قبل ازآزمایشات er انجام شد. در این پژوهش از روش الکتروفورز sds-page به منظور تفکیک باندهای پروتئینی مربوط به زیر واحدهای سنگین گلوتنین گندم نان استفاده شد. بعد از رنگ آمیزی ژل باندهای پلی مورفیک مطابق روش های استاندارد بین المللی تفکیک و نام گزاری شده و ارتباط آنها با صفات کیفی مرتبط با نانوایی گندم بررسی گردید. همچنین ضمن تکرار آزمایش به منظور بالابردن دقت مقایسات از ژل های 10 درصد و ژل های اوره به منظور تفکیک باندهای کیفی که باهم هم پوشانی داشتند استفاده شد. برای مطالعه صفات و ارقام از آمار توصیفی، استنباطی، تک متغیره و چند متغیره استفاده و از نرم افزارهای excel ، spss و sas برای تجزیه و تحلیل های آماری استفاده گردید. از مدل های خطی ساده glm، تجزیه واریانس anova، تجزیه همبستگی خطی، تجزیه رگرسیون، تجزیه به مولفه های اصلی pca و تجزیه کلاسترca برای تحلیل داده های این تحقیق استفاده شد. برای تجزیه کلاستر یا خوشه ای از ضرائب تشابه جاکارد استفاده گردید. برای نشان دادن تفاوت های معنی دار بین لاین های گندم، بررسی وجود تفاوت بین ژنوتیپ ها در مناطق مختلف آب و هوایی و برای بررسی امکان وجود تفاوت بین آزمایشات مختلف، صفات توسط تجزیه واریانس و مقایسه میانگین چند دامنه های دانکن با هم مقایسه شدند. نتایج تجزیه واریانس سال، اقلیم و آزمایشات نشان داد که بین سال های مختلف از نظر باند شماره 1 ، 8 و 9 تفاوت معنی دار دیده شد. یعنی فراوانی این آلل ها در سال های مختلف متفاوت بوده و همچنین برای آلل های 1 و *2 در اقلیم های مختلف و باند 6 در آزمایشات مختلف تفاوت بوده است. برای اکثر صفات کیفی اندازه گیری شده نیز تفاوت معنی دار دیده شد. نتایج به دست آمده نشان دهنده وجود تفاوت های ژنتیکی بین ارقام و لاین های مورد مطالعه بود. از نتایج این پژوهش می توان در گزینش لاین های برتر اصلاحی استفاده نمود.