لاله واژگون (fritillaria imperialis)گیاهی تک لپه ای و متعلق به تیره سوسن می باشد. در زمینه مطالعات مولکولی بر روی گیاه لاله واژگون هیچ منبعی در دسترس نیست. ناشناخته بودن خصوصیات سیتوژنتیکی و فنولوژیکی لاله واژگون از یک سو و کم اهمیت بودن این گونه از نظر اقتصادی از سوی دیگر، موجب شده است تا رویکرد چندانی به تحقیقات و مطالعه بر روی این گونه گیاهی در گذشته انجام نگیرد. دراین تحقیق تنوع ژنتیکی بین و درون جمعیت های لاله واژگون (fritillaria imperialis l.) منطقه زاگرس با استفاده از نشانگر مولکولی aflp مورد بررسی قرارگرفت. در این تحقیق 5 ترکیب آغازگری که در مجموع 188 مکان چندشکل ایجاد کرده بودند، در 140 ژنوتیپ لاله واژگون مورد بررسی قرارگرفتند. میانگین تعداد نوارهای تکثیر شده به ازای هر جفت آغازگر 8/37 و میانگین تعداد نوارهای چندشکل به ازای هر جفت آغازگر 6/37 بود. توانایی جفت آغازگرهای مختلف در آشکارسازی چندشکلی در بین ژنوتیپ های مختلف لاله واژگون متفاوت بود. در این میان ترکیب جفت آغازگری p-gcg m- ctg دارای بیشترین تعداد باند چند شکل و ترکیب جفت آغازگریp-gtg m-ctt دارای کمترین تعداد باند چندشکل بود. برای گروه بندی ژنوتیپ ها و تعیین میزان شباهت آنها از روش تجزیه خوشه ای استفاده شد. بررسی ضریب همبستگی کوفنتیک نشان داد که گروه بندی بر اساس روش upgma با استفاده از ضریب تطابق ساده با ضریب همبستگی کوفنتیک 9/0 مناسب ترین روش طبقه بندی ژنوتیپ های مورد مطالعه می باشد. دندروگرام حاصله به سه گروه اصلی تقسیم-بندی شد. گروه اصلی اول شامل جمعیت های یاسوج و استهبان فارس می باشد. گروه اصلی دوم شامل جمعیت های کوهرنگ، آستانه، اشترانکوه و پرو از کرمانشاه می باشد. گروه سوم اصلی شامل جمعیت کردستان می باشد. در این مطالعه نتایج حاصل از تجزیه واریانس مولکولی و تجزیه تنوع ژنی یکسان و در هر دو مورد تنوع بین جمعیت ها بیشتر از تنوع داخل جمعیت-های لاله واژگون می باشد.