از حدود 250000 گونه ی گیاهی شناخته شده در سراسر جهان، تنها حدود 8000 گونه (3 درصد از کل گونه ها) از آن ها علف هرز به شمار می روند، که از این میان تنها 250 گونه (1/0%) در کشاورزی خسارت زا است. به منظور کاهش رقابت علف های هرز با محصولات زراعی، در بین روشهای کنترل آن ها کنترل بیولوژیک به ویژه توسط قارچ های پاتوژن اختصاصی آنها توجه همگان را جلب نموده است. شناسایی این قارچ ها گام نخست در راستای رسیدن به این هدف است. در این بررسی به منظور جمع آوری قارچهای ناقص در بهار، تابستان و پائیز 1388 از مزارع, باغات و رویشگاه های طبیعی استان همدان نمونه برداری صورت گرفت. گیاهانی که در این تحقیق مورد بررسی قرار گرفتند عبارتند از: ترشک (rumex obtusifolius)، شقایق وحشی (papaver dubium)، گل قاصد وحشی (taraxacum graminifolius)، غازپا (chenopodium murale)، گاوزبان بدل (anchusa italica)، شیرنرم (sonchus oleraceous)، شمعدانی وحشی (geranium tuberosum)، کاهوک (lactuca orientalis)، پونه (mentha pulegium)، پنج انگشت (potentilla sp.)، قازیاغی (falcaria vulgaris)، ورک (hulthemia persica)، کاهوی افعی (scorzonera sp.) کنگرصحرائی (cirsium arvensis). نمونه ها پس از انتقال به آزمایشگاه روی محیط کشت کشت داده شدند و قارچ ها از آنها جدا شدند. نمونه ها خالص سازی گردیدند و به کمک خصوصیات ریخت شناختی شامل شکل و اندازه پیکنیدیوم، تعداد استیول، شکل و اندازه کنیدیوم ها و سلول های کنیدیوم زا، وجود یا عدم وجود کلامیدوسپور و ذرات چربی در هر سلول در سلومیست و بر اساس رنگ پرگنه، شکل و اندازه کنیدیوم، نحوه آرایش و تعداد دیواره های عرضی در هر کنیدیوم، وجود یا عدم وجود برآمدگی ها در کنیدیوفور در هیفومیست مورد شناسایی قرار گرفتند. از مجموع 163 علف هرز مشکوک به آلودگی قارچی، 13 گونه قارچ ناقص جدا و شناسایی شد که عبارتند از: ascochyta sp.1 ، ascochyta sp.2، phoma sp.1 ، phoma medicaginis var. medicaginis ، phoma herbicola، septoria sonchi، alternaria chlamydospora، embellisia tellustris، embellisia astragali، cladosporium cladosporioides، cladosporium herbarum، cladosporium variabile، cladosporium macrocarpum. برای بررسی صحت شناسایی های انجام شده بر اساس ویژگی های ریخت شناختی، توالی نواحی its (its1، its2 و ژن 5.8s) از dna ریبوزومی 10 گونه مختلف تعیین شد. توالی نواحی its در گونه های مختلف جنس های ascochyta، phoma و embellisia بسیار متنوع است و نشانگر خوبی برای تفکیک بین گونه ای هر یک از این جنس ها است. درحالیکه توالی این نواحی برای تفکیک گونه های مختلف cladosporium و septoria از هم مناسب نیست. بنابراین در این بررسی شناسایی گونه های این دو جنس بیشتر براساس مقایسه ویژگی های مورفولوژیکی آن ها با سایر گونه های مشابه صورت گرفت. از بین گونه هائی که در این بررسی شناسایی شدند، phoma herbicola روی گل قاصدوحشی، phoma medicaginis var. medicaginis روی غازپا، alternaria chlamydospora روی شمعدانی وحشی، cladosporium cladosporioides روی کاهوک، cladosporium herbarum روی پونه، cladosporium variabile روی پنج انگشت و قازیاغی، cladosporium macrocarpum روی ورک، embellisia astragali روی کاهوی افعی، embellisia tellustris روی کنگرصحرائی برای اولین بار روی این میزبان ها برای دنیا گزارش می شوند. ascochyta sp.1 روی ترشک، ascochyta sp.2 روی شقایق وحشی، phoma sp.1 روی گاوزبان بدل می توانند به-عنوان گونه های جدید برای فلور قارچی دنیا معرفی شوند. septoria sonchi روی شیرنرم، phoma herbicola روی گل قاصد وحشی، embellisia tellustris روی کنگرصحرائی و embellisia astragali روی کاهوی افعی نیز برای فلور قارچی ایران جدید هستند.