این پژوهش ضمن بررسی و تحلیل عملکرد نظام بانکداری اسلامی، اقدام به بررسی تاثیر تخصیص بهینه منابع بر سودآوری بانکهای تجاری نموده است. بدین منظور به برآورد کارایی اقتصادی(هزینه) به عنوان شاخص تخصیص بهینه منابع و کارایی سود بانکهای تجاری و تشخیص عوامل موثر بر آن پرداخته است. مدل مورد استفاده در این پژوهش مدل اثرات ساختاری بر ناکارایی بیتیس و کولی(1995) است و داده های مورد بررسی آمار و ارقام ده بانک تجاری(6بانک دولتی و 4 بانک خصوصی) برای دوره زمانی 1381 -1387 می باشد، که با نگرش واسطه ای به بانک و شیوه پارامتری sfa و به کارگیری تابع هزینه و سود مرزی ترانسلوگ از روش حداکثر درستنمایی تخمین زده شده است. نتایج حاصل از این پژوهش با استفاده از برآورد تابع هزینه مرزی نشان داد که تخصیص بهینه منابع با افزایش اندازه بانک، ارائه تسهیلات به بخش بازرگانی و خدمات و همچنین بخش ساختمان و مسکن افزایش می یابد، و با ارائه تسهیلات تکلیفی، افزایش مطالبات معوق(ریسک اعتباری)، نرخ سپردهای قانونی و نرخ تورم کاهش می یابد. برآورد تابع سود مرزی نشان داد که سودآوری بانکهای تجاری با افزایش ارائه تسهیلات به بخش بازرگانی، خدمات و افزایش سرمایه های فیزیکی و دارایی کل(اندازه) افزایش می یابد و با افزایش ارائه تسهیلات تکلیفی، تسهیلات تولیدی، ساختمان و مسکن و همچنین افزایش هزینه های پرسنلی، سرمایه مالی و افزایش نرخ سپرده های قانونی کاهش می یابد. در ادامه با استفاده از ضریب همبستگی پیرسون و مقایسه کارایی سود و کارایی اقتصادی بانکهای تجاری، نشان داد، که لزوماً افزایش کارایی اقتصادی بانکها جهت تخصیص بهینه منابع منجر به افزایش سودآوری بانکها نمی گردد. در پایان برای افزایش سودآوری بانکهای تجاری به عنوان مهمترین هدف فعالیت بانکهای تجاری، ضرورت اصلاحات مالی در نظام بانکی را پیشنهاد می کند.