ویروس موزائیک زرد کدو (zucchini yellow mosaic virus)، یکی از اعضاء جنس پوتی ویروس بوده و باعث کاهش قابل توجهی در کدوئیان در مناطق مختلف جهان می شود. ویروس موزائیک کدو (squash mosaic virus) باعث ایجاد موزائیک رگبرگ روشنی در خربزه می شود و عضو جنس کوموویروس است. به منظور تعیین شناسایی ویروس موزائیک زرد کدو و ویروس موزائیک کدو در استان های خراسان رضوی، شمالی و جنوبی در تابستان و پائیز 1388 و 1389، نمونه های مشکوک به آلودگی از مزارع مختلف استان جمع آوری و به آزمایشگاه منتقل گردید. نمونه های آلوده به ویروس، با استفاده از آزمون das-elisa شناسایی شدند. جهت استخراج rna از دو روش استفاده از بافر rna-x-plus و بافر accuzol استفاده گردید و بدنبال آن آزمون rt جهت ساخت cdna با استفاده از آغازگرهای اختصاصی انجام شد. آزمون pcr با استفاده از آغازگرهای اختصاصی رفت و برگشت مربوط به ناحیه coat protein ویروس موزائیک زرد کدو و ناحیه protease cofactor ژنوم rna-1 ویروس موزائیک کدو انجام شد. الکتروفورز محصول pcr بر روی ژل آگارز 7/1 درصد ظهور قطعات تکثیر شده مربوط به zymv و sqmv را به ترتیب در محدوده های 970 و 226 جفت باز نشان داد. آنالیز فیلوژنتیک قطعات تکثیر شده نشان می دهد که جدایه های درگز و نیشابور مربوط به ویروس zymv به جدایه syzy-30 (ac. no: gu903892) و جدایه تربت جام مربوط به ویروس sqmv به جدایه y-sqmv (ac. no: ab054688/1) در مقایسه با سایر جدایه های دنیا شباهت بیشتری دارند.