پرداخت یارانه یکی از ابزارهای حمایتی دولت است که در جهت حمایت از قشرها و بخش های مختلف اقتصادی به کار می رود. در دهه اخیر، با توصیه های بانک جهانی و صندوق بین المللی پول، مبنی بر حذف یارانه برای تسریع رشد اقتصادی در جهان سوم بحث پیرامون آن بالا گرفته است. امروزه پرداخت یارانه به دلایل گوناگون سیاسی و اقتصادی در کشورهای مختلف، از جمله ایران، متداول است و یکی از اهداف سیاست های تعدیل اقتصادی دولت، حذف یارانه ها می باشد. با توجه به این موضوع، در این مطالعه به بررسی اثرات تغییر یارانه کشاورزی، بر میزان تولید و صادرات محصولات این بخش پرداخته شد. برای این منظور، یک الگوی تعادل عمومی محاسباتی (cge) تدوین و اطلاعات مربوط به آخرین جدول داده – ستانده در سال 1380 در قالب ماتریس حسابداری اجتماعی به عنوان پایه آماری بکار گرفته شد. جهت استخراج و حل مدل از تکنیک برنامه ریزی غیر خطی " مسائل تکمیلی مختلط" (mcp)استفاده شد. ماتریس حسابداری اجتماعی به 6 بخش اصلی کشاورزی، نفت و گاز، منسوجات، نیرو، صنعت و خدمات و همچنین بخش های رفاه ،سرمایه گذاری، صادرات و واردات و یک بخش مصرف کننده تقسیم شد. برای بررسی اثر یارانه، میزان یارانه کشاورزی طی چهار مرحله کاهش داده شد و تأثیر آن بر متغیرهای درون زا (سطح تولید، سطح قیمت ها، صادرات، واردات، نرخ بیکاری و سطح رفاه) مورد بررسی قرار گرفته شد. نتایج نشان داد که کاهش یارانه کشاورزی، سطح تولید این بخش را کاهش و قیمت ها را افزایش می دهد و این باعث انحراف نرخ واقعی ارز از مقدار تعادلی شده و صادرات این بخش را متوقف می کند. همچنین نرخ بیکاری افزایش و سطح رفاه کاهش می یابد.