رفتار مسالمت آمیز و آرام مردم کرمان با ادیان و فرق مذهبی، سبب شد که پس از ورود اسلام به این منطقه، در سال 29 هـ فرق مذهبی که این ناحیه را برای ادامه ی حیات سیاسی خود مناسب می دیدند، به اینجا هجرت کنند. جدا از فرق مذهبی که در قرون نخستین اسلامی وارد کرمان شدند، در قرون بعدی فرقی،مانند: نعمت اللهیه، شیخیه و آقاخانیه در کرمان بوجود آمدند و نقش فعالی را در مسائل سیاسی، فرهنگی، اجتماعی، اقتصادی و مذهبی این منطقه و حتی ایران از خود بر جای گذاشتند. فرزندان فرقه صوفی مسلک نعمت اللهیه، پس از مرگ رهبر خود، راهی هند شدند و در آنجا فعالیت خود را پی گیری نمودند. رهبران این فرقه با پادشاهان تیموری، صفوی و بهمنی دکن معاصر بودند. دو فرقه ی شیخیه و آقاخانیه در قرن سیزدهم و همزمان با حکومت قاجاریه در کرمان بوجود آمدند. هر دوی این فرقه ها،با قارجارها پیوند خویشی داشتند. شیخیه پیوند نسبی و آقاخانیه پیوند سببی. شیخیه در تحولات سیاسی، اقتصادی، اجتماعی، مذهبی و فرهنگی کرمان تأثیر گذار بود، این فرقه توسط حاج محمدکریم خان کرمانی تأسیس شد. فرقه ی آقاخانیه بوسیله ی آقاخان اول، در کرمان بوجود آمد. وی پس از عزل از حکومت کرمان،شورش کرد که عواملی مانند دلخوری وی از شاه قاجار به سبب عدم تشکر از وی به خاطر خدماتش در کرمان و وجود تعداد زیادی مرید و هوادار در کرمان که خاطره خوبی از بذل و بخشش های او داشتند و همچنین نارضایتی کرمانی ها از حکومت قاجار به دلیل وحشی گری های سپاهیان آقامحمدخان در کرمان این قیام را تشدید می کرد. هر چند که از کنار نقش دولت انگلستان به عنوان عامل خارجی قیام آقاخان محلاتی در کرمان،نباید بی تفاوت عبور کرد. به هر صورت وی پس شکست از دولت مرکزی ایران به هند رفت و فصلی تازه را در تاریخ اسماعیلیان نزاری در آنجا گشود. جانشینان وی نقش فعالی از خود در حوادث سیاسی جهان ایفاء نمودند. فرقه ی آقاخانیه نیز در حوادث فرهنگی و اجتماعی کرمان نقش فعالی از خود نشان داد.