کلر یک ماده غذایی کم مصرف ضروری برای گیاهان است که در شکستن مولکولهای آب و آزاد سازی مولکولهای اکسیژن در فتوسیستم ii نقش دارد و از طریق پیوند برگشت پذیر یونی، انتقال الکترون ها را آسان می کند. همچنین نقش تنظیم کنندگی اسمزی در گیاهان دارد. غلظت بالای کلر در خاک شرایط سختی را برای جذب آب توسط ریشه ها ایجاد می کند و همچنین موجب نشانه های سمیت در گیاه می شود. در پژوهش حاضر تأثیر 4 غلظت 10، 20، 40 و 80 میلی گرم در لیتر کلرآب آبیاری بر فاکتورها رشد، رنگریزه های فتوسنتزی، فعالیت آنزیم آلفا- آمیلاز، متابولیسم کربن و نیتروژن و درصد نیکوتین در توتون کوکر 347، به عنوان یکی از ارقام تجاری مورد کشت در ایران، بررسی و ارزیابی شد. نتایج حاصل از آنالیز داده ها نشان داد با افزایش غلظت کلر در آب آبیاری ، میزان کلر در تمام بخشهای گیاه بصورت خطی افزایش یافت و بیشترین میزان کلر در برگهای پایینی وجود داشت. همچنین با افزایش غلظت کلر در آب آبیاری تا تیمار 40، سرعت رشد نسبی برگ (rlgr)، سرعت ماده سازی خالص (nar) و نسبت وزن برگ(lwr) افزایش یافت و در تیمار 80 میزان آنها کاهش یافت. ولی سطح ویژه برگ (sla) و نسبت سطح برگ (lar) تا تیمار 40 کاهش و در تیمار 80 افزایش یافت، که نشان می دهد افزایش کلر در برگ در غلظت بالای 40 میلی گرم در لیتر آب آبیاری موجب کاهش سطح برگ و ضخیم شدن آن می شود. افزایش کلر تا تیمار 20 موجب افزایش رنگریزه های فتوسنتزی و کاروتنوئید کل گردید و در تیمار 40 و 80 میزان آن کم شد. افزایش میزان کلر همچنین موجب کاهش قندهای محلول کل و افزایش میزان نشاسته تا تیمار 40 گردید و در تیمار 80 ، میزان قندهای محلول افزایش و نشاسته و فعالیت آلفا آمیلاز کاهش نشان داد. همچنین افزایش میزان کلر آب آبیاری موجب کاهش میزان پروتئین در 3 موقعیت برگ روی ساقه شد و درصد نیتروژن کل نیز تنها در برگهای بالایی با در تیمار 80 کاهش یافت. درصد نیکوتین در برگهای میانی و ریشه در تیمار 80 کاهش یافت