ویروس کم خونی عفونی، عامل بیماری بالینی کم خونی عفونی و یکی از عوامل ایمونوسوپرسیو در ماکیان می باشد. در این بررسی بافت های طحال، کبد و تیموس نمونه های درمانگاهی و کشتارگاهی جوجه گوشتی خراسان بزرگ، با هدف مطالعه تنوع ژنتیکی ژن های vp1، vp2 و vp3 این ویروس، به روش pcr غربال گری شدند. از میان نمونه های مثبت تعداد 20 نمونه با دو جفت پرایمر اختصاصی در برگیرنده بخش اصلی ناحیه رمز کننده vp1 و تمام ناحیه در برگیرنده vp2 و vp3 تکثیر و به صورت مستقیم، توالی یابی شدند. با حذف سویه هایی با منشاء احتمالی یکسان، مجموعا تعداد 14 نمونه از نظر vp2 و vp3 و 3 نمونه از نظر vp1 تعیین توالی شدند. توالی های خام پس از ویرایش با استفاده از نرم افزار bioedit و برنامه clustal w با توالی های انتخابی از سویه های مختلف در سراسر دنیا، مورد ردیف یابی دوگانه جهت بررسی میزان همولوژی و همسانی در سطح اسید نوکلئیک و اسید آمینه، و نیز ردیف یابی چندگانه قرار گرفتند. میزان همسانی سویه های خراسان با سویه های مورد مقایسه در سطح اسید نوکلئیک برای vp1، vp2 و vp3 به ترتیب از 3/97 تا 100%، 1/98 تا 100% و 97 تا 100% متغیر بودند. از نظر همولوژی در سطح اسید آمینه این نتایج برای vp1 از 8/96 تا 100%، برای vp2 از 2/97 تا 100% و برای vp3 از 9/95 تا 100% متنوع بود و در خصوص همسانی برای این سه ژن به ترتیب از 6/98 تا 100%، از 7/97 تا 100% و از 5/97% تا 100% متغیر بود. بر اساس توالی آمینواسید برگرفته از توالی نوکلئوتیدی (deduced amino acid) و درخت فیلوژنی vp1، سویه های خراسان همراه با سویه های تکثیر شده از نمونه های جمع آوری شده در سطح مزارع از قاره ها و کشور های مختلف، یک گروه واحد ژنتیکی را تشکیل دادند؛ در حالی که سویه های واکسینال و آداپته شده با کشت سلول در یک گروه مجزای دیگر قرار گرفتند. هیچ ارتباط مشخصی بین ژنوتیپ های مورد مطالعه و مناطق جغرافیایی و منشاء دیگر سویه های مورد استفاده جهت آنالیز فیلوژنی مشاهده نشد. علی رغم تنوع مشاهده شده در توالی آمینواسیدی vp2 و قرار گرفتن سویه های خراسان در دو گروه ژنتیکی، به نظر نمی رسد درخت فیلوژنی این ژن بتواند در ژنوتایپیتگ، کمک موثری بنماید. در آنالیز فیلوژنی توالی آمینواسیدی vp3، سویه های خراسان در دو گروه ژنی از سه گروه ژنی قرار گرفتند. نتایج حاصل از این بررسی جایگاه ژن های vp1، vp2 و vp3 برخی سویه های ویروس کم خونی عفونی خراسان را در مقایسه با سویه های دیگر در گستره جهانی به تصویر کشیده است. آنالیز فیلوژنی در سطح آمینواسید vp1 شاید قادر به تفریق سویه های واکسینال مرسوم و آداپته با کشت سلول از سویه های وحشی مزرعه باشد. این بررسی اولین مورد مطالعه ژنوم ciav در کشور می باشد که در آن توالی بخش هایی از vp1 و توالی vp2 و vp3 به طور کامل، تعیین شدند.