بیماری ریزومانیا (ریشه گنایی) یکی از مخرب ترین بیماری های چغندر قند در جهان است که علاوه بر کاهش شدید وزن ریشه موجب کاهش مقدار قند نیز می گردد. یکی از روش های مقابله با این بیماری استفاده از ارقام مقاوم است. ردیابی ًژن های مقاومت با استفاده از نشانگرهای مولکولی ضروری می باشد. در این تحقیق از یک نشانگر مولکولی ناجفتrapd (random amplified polymorphic dna)، موسوم به pn3، پیوسته با ژن مقاومت به ریزومانیا برای شناسائی تک بوته های هموزیگوت غالب مقاوم در 28 ژنوتیپ چغندرقند شامل پنج توده s1، 16 لاین اوتایپ، دو لاین گرده افشان و پنج هیبرید و مجموعا" مشتمل بر 1551 تک بوته کشت شده در مزرعه استفاده شد. برای این منظور پس از نمونه برداری برگ از گیاهان مزرعه ای، اقدام به استخراج dna ژنومی گردید. سپس آزمون rapd-pcr بر روی نمونه های گیاهی با آغازگرهای مربوطه انجام گرفت. محصول واکنش در ژل اگارز 2/1 درصد الکتروفورز و پس از رنگ آمیزی، الگوی باندی نمونه ها مشاهده گردید. سپس بر اساس درصد بوته های هموزیگوت غالب، داده ها در قالب طرح کاملا" تصادفی نامتعادل مورد تجزیه واریانس قرار گرفت. نتایج نشان داد که بین کلیه ژنوتیپ ها اختلاف معنی داری از نظر صفت درصد بوته های هموزیگوت غالب وجود دارد. با انجام مقایسه میانگین ها، ژنوتیپ ها در 18 گروه طبقه بندی شدند. ضمنا تجزیه خوشه ای ژنوتیپ ها بر مبنای درصد بوته های هموزیگوت غالب انجام و ژنوتیپ ها در چهار گروه مجزا تفکیک شدند. نتایج این تحقیق نشان داد که می توان از نشانگر مولکولی pn3 جهت ارزیابی سریع ژرم پلاسم چغندرقند در مراحل انتخاب گیاهان مقاوم در طی فرایند تهیه رقم بهره برداری نمود.