در آیین دادرسی کیفری هر کشور، مرحله ی تحقیقات مقدماتی از جمله مهم ترین مراحل رسیدگی کیفری است که تأمین یا عدم تأمین حقوق دفاعی متهم در این مرحله بیشتر از سایر مراحل دادرسی نمود پیدا می کند. در این پژوهش پس از بررسی این مرحله، تفاوت های روش تحقیقات مقدماتی در محاکم عمومی و محاکم نظامی با هم تطبیق داده شد. بررسی قانون آیین دادرسی کیفری مصوب 1290 به عنوان قانون حاکم بر دادرسی محاکم نظامی و قانون آیین دادرسی دادگاه های عمومی و انقلاب مصوب 1378 به عنوان قانون حاکم بر محاکم عمومی نشان داد که در دادسرای عمومی و دادسرای نظامی از جهت روش تحقیقات مقدماتی شباهت ها و تفاوت هایی وجود دارد. شباهت هایی نظیر اعمال مرور زمان کیفری، صدور قرار اناطه و صدور قرار تأمین خواسته و تفاوت هایی نظیر اختلاف در وجود برخی ضمانت اجراها، حدود اختیارات وکیل مدافع، صدور قرار تأمین و تعلیق تعقیب کیفری در مرحله ی تحقیقات مقدماتی در دادسرای عمومی و نظامی قابل مشاهده می باشد. هر چند که قوانین دادرسی حاکم بر این محاکم نسبت به تأمین حقوقی که یک متهم می تواند در مرحله ی تحقیقات مقدماتی داشته باشد فاصله ی زیادی دارند ولی دادگاه های نظامی در مقایسه با دادگاه های عمومی در بر دارنده ی حقوق دفاعی بیشتری برای متهم هستند. تغییر قوانین در راستای تأمین هر چه بیشتر حقوق دفاعی متهم و مطابق با موازین بین المللی می تواند تا حدّی این کاستی ها را جبران نماید.