اولین و مهم ترین منبع تفسیر تسنیم قرآن است و استاد جوادی آملی در این مسیر راه علامه طباطبایی را –البته به گونه ای استوارتر- پیموده است. مفسر گرچه معتقد است روایات تفسیری غیر فقهی حجیت ندارند، ولی بخش وسیعی از تفسیر خود را به بحث روایی اختصاص داده و تأکید کرده است که این امر هیچگونه منافاتی با استقلال قرآن در تفسیر ندارد. در این تفسیر، آیات دربردارنده معارف عقلی با بهره گیری از مبادی بیّن یا مبیّن عقلی به عنوان دلیل یا موید، تفسیر شده و از آنجا که نویسنده آن، از برجسته ترین شخصیت های آگاه به فلسفه اسلامی است، منبع بودن عقل در آن به شکلی کاملاً آشکار رخ نموده است. تسنیم در عین حال که جزء تفاسیر اجتهادی و جامع به حساب می آید، تفسیری است فلسفی و عرفانی و اصطلاحات این علوم در آن مکرّر به چشم می خورد. گرچه این امر در کنار بکارگیری واژگان غریب و نامأنوس، مطالعه بخش قابل توجهی از آن را به خواص اختصاص داده، ولی این به معنای محرومیت عامه مردم از مطالعه آن نیست، زیرا جنبه تربیتی و اخلاقی آن نیز بسیار آشکار و قابل توجه است، به گونه ای که مفسر به اندک بهانه ای سعی دارد نکات اخلاقی برآمده از آیات را مطرح کند. از این حیث به نظر می رسد آنچه بیش از همه در این تفسیر جلب توجه می کند، رنگ اخلاقی آن است. مفسر در موارد متعدد از اصل سیاق در تفسیر آیات بهره گرفته و در روش تفسیری خود بر پرهیز از اسرائیلیات تأکید نموده است. وی در سطح بسیار گسترده از سایر نظرات سایر مفسرین بهره برده و نیز آنها را نقد نموده است. استاد جوادی آملی همچون برخی از مفسران در پیشگفتار کتابش بخش مستقلی را به مباحث علوم قرآنی اختصاص نداده، ولی در تفسیر آیات به مناسبت مسائل مطرح شده، به اجمال یا تفصیل به مباحث مختلف علوم قرآنی نظیر اعجاز، اسباب نزول، تحریف، محکم و متشابه و.....پرداخته است . از این میان مبحث جوّ، فضا و شأن نزول و تناسب آیات در آن از جایگاه خاصی برخوردار است.در یک کلام باید گفت تفسیر تسنیم به نوعی مستدرک المیزان محسوب می شود و سعی دارد مباحث مطرح در آن را به شکلی کاملتر و مفصلتر مطرح ساخته و نواقص احتمالی آن را رفع کند. با این وجود تمایزاتی میان این دو تفسیر وجود دارد که در این نوشتار به آنها اشاره شده است.