کلستریدیوم پرفرنژنس ، باکتری گرم مثبت و بی هوازی است که بر اساس تولید توکسینهای کشنده اصلی به پنج تیپ از a تا e تقسیم می شود چهار نوع توکسینهای اصلی و عمده شامل توکسینهای آلفا، بتا، اپسیلون و یوتا می باشند. توکسین بتا، توکسین اصلی کشنده است که توسط تیپ های c,b کلستریدیوم پرفرنژنس تولید می شود این توکسین یک زنجیره پلی پیتیدی با وزن مولکولی ه حدود 40کیلو دالتون است که به تریپسین بسیار حساس بوده و نقش اصلی در نکروتیک انتریت در انسانها و حیوانات را ایفا می کند. در این تحقیق روش شناسایی مولکولی جدایه های کلستریدیوم پرفرنژنس تیپ b کلستریدیوم پرفرنژنس با استفاده از پرایمرهای اختصاصی و آزمایش زنجیره ای پلیمراز pcr))راه اندازی شد. با استفاده از آزمایش pcr قطعات 900و611و504 برای ژنهای آلفا، بتا، اپسیلون بدست آمد. به منظور بررسی تنوع ژنتیکی جدایه های تایپ b از نظر ژن مولدتوکسین بتا(cpb) قطعه مذکور به منظور تعیین توالی به شرکت biosience applied فرانسه ارسال گردید. پس از تعیین توالی نوکلئوتیدی ژن توکسین بتا.با نرم افزار megalian مرتب و مورد مقایسه قرار گرفتند.. در مقایسه با توالی نوکلئوتیدی ژن توکسین بتا نمونه رفرانس( cpbe) نمونه ایزوله شده cpbjدر نوکلئوتید 95 ، به جای باز گوانین دارای باز تیمین.ودر نوکلئوتید 241 در نمونه های ایزوله cpbl و cpbo به جای باز آدنین ، باز گوانین قرار گرفته است . در مقایسه با توالی آمینو اسیدی ژن توکسین بتا نمونه رفرانس با جدایه ها ، ایزوله cpbj اسید آمینه والین در موقعیت 32 توالی آمینو اسیدی جایگزین گلوتامین و ایزوله cpbl و cpbo در موقعیت 81 توالی آمینو اسیدی ، اسید آمینه والین جایگزین ایزولوسین شده است .در موقعیت 193 توالی آمینو اسیدی سروتایپ های ایسلند ـ هند ـ آمریکا ، آمینو اسید میتونین جایگزین ایزولوسین شده است که در نمونه رفرانس( cpbe) واطلاعات موجود در ژن بانک در موقعیت 193 توالی آمینو اسیدی ایزولوسین وجود دارد. بنابراین بر اساس نتایج حاصله آنالیز فیلوژنی و توالی یابی ، کمترین شباهت (3 .99 درصد ) مربوط به ایزوله cpbo و بیشترین شباهت 100 % با ایزوله های cpbk , cpbn , cpbm می باشد .