ماهی کپورمعمولی (cyprinus carpio) یکی از گونه های بومی و مهم تجاری دریای خزر محسوب می گردد که علی رغم ارزش اقتصادی، در مخاطره بودن زیستگاه ها و نوسانات صید آن در سال های اخیر، اطلاعات راجع به این گونه در سطح مولکولی محدود می باشد. در این تحقیق به منظور بررسی تنوع ژنتیکی ماهی کپور معمولی در مناطق قره سو، گرگانرود، تالاب گمیشان و تالاب انزلی از 8 لکوس مایکروستلایت استفاده شد که همگی پلی مورف بودند. طبق نتایج حاصله میزان fst در محدوده 011/0-033/0 به دست آمد که نشان از تمایز ژنتیکی پایین جمعیت های مورد نظر می باشد. نمونه های مورد بررسی در اکثر لکوس ها انحراف از تعادل هاردی- واینبرگ را نشان دادند که دلیل ان را می توان به افزایش هتروزایگوسیتی و تکثیر مصنوعی نسبت داد. تعداد الل ها در محدوده 25 – 14 و هتروزایگوسیتی مشاهده شده و مورد انتظار به ترتیب در دامنه00/1-964/0 (میانگین: 999/0) و 939/0-791/0 (میانگین: 903/0) به دست آمد که بیانگر این مطلب می باشد که علی رغم مسائلی همچون تکثیر مصنوعی کپورمعمولی، تنوع ژنتیکی آن در سطح مطلوبی قرار دارد. همچنین طبق نتایج به دست آمده به نظر می-رسد بیش از یک جمعیت در سواحل جنوبی دریای خزر وجود دارد. نتایج حاصل از این تحقیق می تواند اطلاعات مفیدی را در زمینه تنوع و تمایز ژنتیکی ماهی کپورمعمولی بیان دارد که در بحث بازسازی ذخایر این گونه حائز اهمیت می باشد.