: موسیر ( allium hirtifolium ) گیاهی پیاز دار و چند ساله از خانواده آلیاسه می باشد. این گیاه بومی ایران است و به صورت خودرو در مراتع مرتفع و نقاط کوهستانی می روید. در این تحقیق با استفاده از نشانگر های مورفولوژیکی و مولکولی تنوع ژنتیکی 16 جمعیت موسیر غرب ایران مورد بررسی قرار گرفت. در آزمایش اول 4 روش استخراج dna شامل موری تامسون(1980)، دویل و دویل(1987)، موری تامسون تغییر داده شده(دشتی 1382) و سقائی-معروف(1984) به منظور انتخاب بهترین روش روی بافت های برگ وسوخ گیاه موسیر مورد ارزیابی قرار گرفت. برای استخراج dna بافت های برگ و سوخ گیاه موسیر مورد استفاده قرار گرفت. بیشترین مقدار dna با کیفیت مطلوب از 1 گرم بافت (4/396 میکروگرم از بافت برگ و 3/259 میکروگرم از بافت سوخ) از روش موری تامسون به دست آمد. با توجه به نتایج، روش موری تامسون برای استخراج dna از بافت های برگ و سوخ گیاه موسیر توصیه میشود. در آزمایش دوم فعالیت آنتی اکسیدانی 16 جمعیت موسیر مورد بررسی قرار گرفت. عصاره های متانولی از نظر فعالیت آنتی اکسیدانی تنوع قابل توجهی نشان دادند. بیشترین فعالیت آنتی اکسیدانی در عصاره جمعیت صحنه و کمترین آن در جمعیت نهاوند بدست آمد. در آزمایش سوم تنوع مورفولوژیکی جمعیت های موسیر با استفاده از 29 صفت کمی و کیفی روی گیاهان مورد ارزیابی قرار گرفت. نتایج حاصل از تجزیه واریانس نشان داد که بین اکثر صفات مورد مطالعه تفاوت معنی داری وجود دارد. تجزیه عامل نشان داد که صفاتی مثل قطر سوخ بزرگ؛ وزن تر، درصد ماده خشک، تعداد، طول و عرض برگ؛ طول ساقه گل دهنده؛ قطر طبق گل آذین؛ رنگ و طرز قرار گرفتن برگ و رنگ ساقه گل دهنده از اجزای تشکیل دهنده عوامل اصلی بودند. نتایج تجزیه کلاستر براساس تمام صفات اندازگیری شده، جمعیت ها را در فاصله 10 به 6 گروه اصلی تقسیم بندی نمود. نتایج نشان داد که ارتباط معنی داری بین تنوع ژنتیکی و منشأ جغرافیایی وجود ندارد. در آزمایش چهارم از نشانگر رپید جهت بررسی تنوع ژنتیکی جمعیت های موسیر استفاده شد. 14 آغازگر از مجموع 50 آغازگر مورد استفاده تکثیر تصادفی dna الگو را به خوبی انجام داده و بین جمعیت هاچند شکلی نشان دادند. کمترین تشابه ژنتیکی(21/0) بین دو نمونه صحنه و کوهرنگ مشاهده شد در حالی که بیشترین میزان تشابه ژنتیکی (63/0) بین نمونه های همدان با همدان 2 و مرغملک با کوهرنگ مشاهده شد. جمعیتهای مورد ارزیابی در تجزیه خوشه ای در حد درصد تشابه 47/0 جمعیت ها را درشش گروه مجزا قرار داد. گروه بندی حاصل از جمعیت ها در تجزیه خوشه ای تقریباً منطبق با منشا جغرافیایی هر جمعیت بود. در این مطالعه نتایج آزمایش مورفولوژیک و رپید با یکدیگر همخوانی نداشت.