امواج بلند می توانند به آسانی به داخل بندر نفوذ کرده و ممکن است پریود طبیعی بندر با پریود موج نفوذی به آن برابر شده و ایجاد تشدید کنند و موجب ناآرامی داخل بندر شوند و اثرات زیادی روی لنگرگیری کشتی ها خواهند داشت. پس مدلسازی صحیح آن در طراحی بندر مهم می باشد. امواج مادون ثقلی امواج بلندی هستند که از شکست امواج کوتاه نزدیک شونده حاصل می شوند. در این مطالعه، مدلسازی عددی نفوذ امواج مادون ثقلی فرکانس پایین به داخل بندر انزلی از مهمترین بنادر کشتیرانی ایران در جنوب غربی دریای خزر پرداخته شده است. در این مطالعه، موج با ارتفاع یک متر اما با پریودهای متنوعی به عنوان شرایط مرزی در ورودی بندر تعریف می شوند، سپس دو مدل عددی برای تعیین ارتفاع موج مشخصه در نقاط داخلی بندر، بخصوص نزدیک مرزها، به کار گرفته می شوند. مدل های عددی مورد استفاده، ماژولbw ازنرم افزارmike21 و مدل ls3d می باشند. نتایج حاصله نشان دادند که امواج با پریود کمتر از 25 ثانیه نمی توانند به داخل بندر نفوذ کرده و ایجاد تلاطم نمایند. همینطور مشخص شد که امواج بلند با پریود 30 تا 90 ثانیه به داخل بندر نفوذ کرده و بدترین شرایط را برای تلاطم بندر ایجاد می نمایند، ارتفاع نسبی موج (ضریب تشدید) در این پریودها فراتر از 2 نیز می رود. در این مطالعه، از انواع مختلف معادلات موج بوسینسک با دقت های رده بندی شده از ضعیف تا دقیق از نظر پخش فرکانس و غیر خطی بودن موج برای مدلسازی نفوذ امواج بلند استفاده شده که نتایج آنها با یکدیگر مقایسه شده و میزان دقت هر یک از آنها مشخص شده است و نوع معادله ای که دقت بیشتری می دهد تعیین شده است.