نام پژوهشگر: شهلا محمد گنجی

مطالعه و بررسی مارکرهای چندگانه ژنتیکی و بیوشیمیایی در مبتلایان به سرطان بافت پوششی سنگفرشی مری برای استفاده در تشخیص
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - پژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیک وزیست فناوری 1389
  شهلا محمد گنجی   عباس صاحبقدم لطفی

سرطان مری با رتبه زیر ده مرگ و میر در بین انواع سرطانها در دنیا و رتبه ششم مرگ و میر در ایران، شیوع بالایی دارد . از آنجا که یکی از دیدگاههای مورد توجه در تشخیص سرطان، مطالعه فرآیندهای مولکولی و بیوشیمیایی سرطان است، در این پروژه تحقیقاتی به بررسی مارکرهای چندگانه ژنتیکی و بیوشیمیایی در ایجاد سرطان بافت پوششی سنگفرشی مری در مبتلایان ایرانی پرداخته شد. با توجه به وجود ارتباط تنگاتنگ بین تولید مثل سلولها و سرطانها ، و درنظر گرفتن این واقعیت که غیرفعال شدن ژنهای مهار کننده سرطانزایی نقش مهمی در شناخت هر چه بهتر بیولوژی ،اتیولوژی و مکانیسم مولکولی سرطانها و دست یابی به مارکرهای مولکولی دارد ، بررسی هایپر به p و 27 p21 ،p18 ، p16 ،p15 ،p متیلاسیون ژن های مهارکننده کینازی وابسته به سیکلین مانند 14عنوان یکی از مهمترین فرآیندهای مولکولی متداول در تمام انواع سرطان ها از جمله سرطان مری انجام شد . بدین منظور 44 نمونه بافت توموری ، 19 نمونه بافت سالم (مجاور تومور ) ، 50 نمونه خون و 37 نمونه سرم از 72 بیمار مبتلا به سرطان بافت پوششی سنگفرشی مری به دست آمد . پس آزمایش کمی p برای ژن های فوق انجام شد . برای ژن 16 mspcr آزمایش ،dna از استخراج mspcr به کمک پروب و پرایمر اختصاصی انجام شد و نتیجه آزمایش taqman real time pcr انجام گردید. نتایج نشان داد که، rtpcr را تائید نمود. بیان ژن های فوق الذکر نیز توسط p ژن 16 6% بود در / 9% و 8 ،%41 ،% به ترتیب 30 p16, p15, p14, p میزان متیلاسیون برای ژن های 27 4% نمونه های بیماران نیز / اصلا" متیلاسیونی مشاهده نشد. در 5 p و 21 p حالیکه برای ژن های 18 مشاهده شد. نتایج بدست آمده تا حدودی با نتایج بررسی سایر p و 16 ،p15 ،p متیلاسیون همزمان 14 محققین بر روی جمعیت های چینی و ایتالیایی مشابهت د اشت . از طرفی مطالعه فعالیت ویژه، فنوتایپینگ و ژنوتایپینگ آلفا - 1 آنتی تریپسین بعنوان یک پروتئین فاز حاد در سرم بیماران مبتلا به سرطان مری بررسی شد و نتایج دال بر افزایش میزان و غلطت این پروتئین در سرم بیماران در 2% بیماران / نشا ن داد که 7 rflp و ief مقایسه با گروه کنترل بود . همچنین نتایج آزمایش های می باشند . بررسیها نشان داد که نتایج بدست آمده توسط سایر mm و بقیه دارای فنوتیپ ms فنوتیپ محققین نیز تائید کننده افزایش میزان این پروتئین در سرم بیماران مبتلا به سرطان مری می باشد اما نتایج حاصل از فنوتایپینگ و ژنوتایپینگ برای اولین با ر با این مطالعه بدست آمده است. آنالیز آماری نتایج حاصل از کارهای آزمایشگاهی و اطلاعات دموگرافی و پاتولوژی بیماران، ارتباط معناداری بین برخی ریسک فاکتورها با متیلاسیون ژنهای مورد بررسی نشان داد.

تغییرات الگوی متیلاسیون دو ژن nanog و rassf1 در سرم بیماران مبتلا به سرطان پستان
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - پژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیک وزیست فناوری 1393
  احمد هاشمی زهان   شهلا محمد گنجی

سرطان پستان شایعترین سرطان دربین زنان جهان و ایران و دومین عامل مرگ ومیر زنان است. سالانه حدود 1.7 میلیون زن مبتلا به سرطان پستان در سراسر جهان شناسایی می شوند و هرسال بیش از پانصد هزار نفر براثر این بیماری جان خود را از دست میدهند. تشخیص زودهنگام میتواند مرگ ومیر این بیماران را کاهش دهد. اما روشهای کنونی تشخیص سرطان پستان از حساسیت پایینی برخوردارند. یکی از مکانیسم های مهم ایجاد سرطان، خاموش شدن ژن ازطریق متیله شدن پروموتر ژن هاست که میتواند برای تشخیص ودرمان سرطان استفاده شود. دراین مطالعه، ژن های nanog (مارکر سلولهای بنیادی) و rassf1a (سرکوبگر تومور) که تغییر الگوی متیلاسیون آنها درمراحل اولیه سرطان پستان نشان داده شده، بررسی شده اند. نمونه های بافتی وسرمی 24 بیمار ساکن مناطق شمالی ایران جمع آوری شد. dna بافت های سرطانی و سالم و سرم ها استخراج شدند. سپس تیمار بیسولفیت انجام شد. در هر مرحله کیفیت و کمیت dnas بررسی شدند. ابتدا دمای بهینه هر کدام از پرایمرهای طراحی شده با انجام واکنش gradient pcr به کمک dna کنترل بدست آمد و اختصاصیت آنها نیز سنجیده شد. سپس واکنش mspcr برای هرکدام از ژن ها توسط hotstartaq plus master mix kit انجام شد. داده ها با تست fisher آنالیز شدند. براساس نتایج بدست آمده متیلاسیون هیچ کدام از ژن های بررسی شده اختلاف معنی داری را بین بافت های تومور و سالم نشان نمی دهند. در این مطالعه، تکثیر همزمان dna متیله و غیرمتیله (m/u) با پرایمرهای اختصاصی در بافت های تومور و سالم مشاهد شد. این تکثیر غیراختصاصی شاید به چند دلیل باشد: 1) مخلوط بودن بافت های تومور و سالم. 2) هتروزیگوت بودن ژن های مورد مطالعه. متاسفانه ما به دلایل مشکلات تکنیکی، جداسازی و نگهداری غیراستاندارد سرم ها در محل نمونه گیری و متلاشی شدن سریع dna در سرم، توانستیم تنها از 2 نمونه سرم، dna برای انجام mspcr استخراج کنیم که از لحاظ آماری قابل آنالیز نیست.

تغییرات الگوی متیلاسیون دو ژن sfn (14-3-3σ) و casp8 در بافت و سرم بیماران مبتلا به سرطان پستان
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - پژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیک وزیست فناوری 1393
  زهره بصیری   شهلا محمد گنجی

سرطان پستان شایع ترین سرطان در میان زنان جهان و ایران است. تشخیص زود هنگام کلید درمان این بیماری است. حدود 95% از سرطان پستان غیر وراثتی است و تغییرات اپی ژنتیکی از جمله متیلاسیون نقش مهمی در شکل گیری این سرطان ایفا می کند. در این مطالعه متیلاسیون پروموتر دو ژن(sfn (14-3-3 ? و casp8 (آغازگر آپوپتوز) که تغییر الگوی متیلاسیون آنها در مراحل آغازین سرطان پستان گزارش شده است، در نمونه های بافت توموری، سالم و سرم بیماران مبتلا به سرطان پستان بررسی شدند. ابتدا استخراج dna از 21 بافت توموری، 19 بافت سالم و 5 نمونه سرم از زنان مبتلا به سرطان پستان از سـاکنین استـانهای شمالی ایران انجـام شـد، سپس dna های استخـراج شده با محـلول بی سولفیت تیمار شد، کیفیت و کمیت dna پس از استخراج و تیمار با بی سولفیت بررسی شد. جهت تعیین دمای بهینه پرایمرهای مخصوص حالت متیله و غیر متیله و نیز بررسی اختصاصیت آنها، mspcr با در نظر گرفتن دمای پیشنهادی شرکت سازنده با dna کنترل انجام شد. سپس واکنش mspcr برای هریک از dna های تیمار شد? نمونه ها با پرایمرهای اختصاصی هرژن و با استفاده از hotstartaq plus master mix kit انجام شد. آنالیز داده ها با تست فیشر نشان داد اختلاف معنی داری بین متیلاسیون بافت توموری و سالم در هیچ یک از ژنها وجود ندارد. این پدیده ممکن است به دلیل تکثیر همزمان dna متیله و غیر متیله با پرایمرهای اختصاصی حالت متیله و غیر متیله در برخی بافتهـای تومـوری و سالم باشد. چنیـن حـالتی خود می توانـد به چنــد دلیـل رخ دهد: 1- هتروزیگوت بودن آللهای ژنهای مد نظر نسبت به متیلاسیون، 2- مخلوط بودن بافتهای توموری و سالم، 3- تدریجی بودن فرآیند متیلاسیون طی آغاز و پیشرفت سرطان، 4- چند سلولی بودن منشأ بافت توموری. در این مطالعه تنها دو نمونه dna سرمی از کیفیت کافی جهت انجام mspcr برخوردار بودند و این تعداد برای آنالیز آماری کافی نیست. مشکلات تکنیکی و استفاده از روشهای غیر صحیح در تهیه و نگهداری سرمها در محل نمونه گیری و نیز ناپایداری dna سرمی موجب بروز مشکلاتی در استخراج dna از سرم بود.