انار (.punica granatum l) گیاهی بومی ایران می باشد و از دوران باستان برای مصارف اقتصادی، زینتی و دارویی در دنیا کشت شده است. به رغم اینکه انار از مهمترین محصولات صادراتی ایران به شمار می رود، اما هیچگونه شناسنامه دقیقی برای تعیین اصالت ژنتیکی و حفظ حقوق مالکیت این ذخیره توارثی گرانبها در کشور وجود ندارد. در این مطالعه ابتدا 50 نشانگر ریزماهواره بر روی 194 نمونه انار شیرین موجود در کلکسیون یزد آزمایش شد و از کاراترین آنها در بررسی تنوع ژنتیکی ژرم پلاسم انار شیرین ایران استفاده شد. همچنین انگشت نگاری 10 رقم تجاری انار ایران با متوسط 5 تکرار از هر رقم، با استفاده از کاراترین نشانگرهای ریزماهواره حاصل از مرحله قبل و همچنین با استفاده از 8 نشانگر aflp انجام شد. از بین نشانگرهای ریزماهواره بررسی شده 7 نشانگر در میان نمونه های مورد مطالعه چندشکلی مناسبی نشان دادند. همچنین از بین 8 ترکیب آغازگر aflp نیز 3 آغازگر چندشکلی مناسب و قابل امتیازبندی نشان دادند، که در مطالعات انگشت نگاری مورد استفاده قرار گرفتند. تحقیق حاضر تنوع ژنتیکی بالایی را در ژرم پلاسم انار شیرین ایران نشان داد. همچنین به رغم اینکه با بررسی کدهای بدست آمده از امتیازدهی آغازگرهای ssr و aflp، هیچ کلید شناسایی اختصاصی برای ارقام تجاری مورد بررسی بدست نیامد اما مطالعه حاضر می تواند گامی برای انجام تحقیقات بیشتر در این راستا باشد.