این پژوهش با هدف بررسی تنوع زیستی سیانوباکتری های برخی از مناطق ساحلی خلیج فارس و مطالعه تولید متابولیت های مفید توسط این باکتری ها صورت پذیرفت. به این منظور نمونه برداری از چهار ایستگاه خلیج فارس (بندر بحرکان، بندر امام خمینی، جزیره قشم، بندر بوشهر) و در سه فصل انجام شد. پس از انجام بررسی های اولیه، جداسازی و خالص سازی، تعداد 27 جدایه از این نمونه ها به دست آمد. شناسایی جدایه ها با تکیه بر مشخصات فیلوژنی و ویژگی های مورفولوژی جدایه ها انجام شد. در این مطالعه، رنگدانه-های کلروفیلa، بتاکاروتن و فیکوبیلی پروتئین ها به عنوان متابولیت های مفید این باکتری ها مورد بررسی قرار گرفتند. از بین جدایه های خالص شده سه جدایه به منظور بررسی تولید متابولیت های مذکور انتخاب شد و سپس اثر استرس های محیطی مثل شوری و ph بر تولید رنگدانه ها بررسی شد. نتایج این تحقیق نشان داد که اعضای راسته oscillatoriale جمعیت غالب سیانوباکتری ها در مناطق مورد بررسی را تشکیل می دهند. نتایج تاثیر استرس شوری بر جدایه های انتخاب شده نشان داد که این جدایه ها در مقادیر مختلفی از nacl قادر به رشد هستند. نتایج بررسی اثر ph نیز حاکی از تمایل این جدایه ها به ph های قلیایی و افزایش تولید رنگدانه ها توسط این جدایه ها در شرایط قلیایی بود. در مقایسه بین جدایه-های به دست آمده نیز جدایه pgc12 بالاترین میزان تولید رنگدانه های مورد بررسی را داشت.