تحلیل آماری شکل شاخه جدیدی از آمار است که در مورد تجزیه و تحلیل آماری اشکال هندسی بحث می نماید. وجه مهم آمار شکل که برای بسیاری از علوم کاربردی حیاتی می باشد حفظ ساختار هندسی اشکال پس از حذف اثرات انتقال، مقیاس و دوران از اشکال مورد مطالعه می باشد. از طرف دیگر انطباق ساختار پروتئین زمینه تحقیقاتی جدیدی است که توجه محقیقن علاقه مند به ویژگی های هندسی پروتئین را به خود جلب کرده است. سنگ بنای اصلی این زمینه بر اساس شباهت ها و تفاوت ها می باشد. از آنجائیکه ساختارهای سوم پروتئین ها بصورت اشکال هندسی می باشند بنظر می رسد آمار شکل بتواند نقش مهمی در پاسخ به این مسئله ایفا نماید. این پایان نامه سعی دارد با استفاده از مدلبندی مناسب آماری به حل بخشی از مسئله انطباق پروتئین بر اساس ساختار سوم آنها کمک نماید. برای این منظور نشان داده خواهد شد که ارتباط تنگاتنگی بین یک معیار مطابقت آماری اشکال و معیار متناظر آن در انطباق ساختاری پروتئین ها وجود دارد. استنباط آماری راجع به پارامترهای انطباق از هر دو دیدگاه آمار بسامدی و بیزی مورد بحث قرار می گیرد. بویژه نمونه گیری از توزیع پسین پارامترهای انطباق به کمک الگوریتم مونت کارلوی زنجیر مارکف انجام شده و کاربست مدل های موجود با استفاده از دو مثال واقعی نمایان می گردد.