در برخی کشورها، دولت حاکم قادر به حُکم راندن به نحو موثر و کارآمد در تمامی قلمرو کشور نیست. ضعف حاکمیت به معضلات بین المللی همچون رشد جنایات سازمان یافته و گروه های تروریستی انجامیده است. در بعضی دیگر از کشورها (همچون افغانستان در دوره طالبان)، دولت ها قلمرو خود را به خوبی اداره نکرده اند و به گروه های تروریستی پناه داده اند. القاعده در افغانستان، امنیت ملی آمریکا را در سرزمین آن کشور به طور جدی مورد تهدید قرار داد. ایالات متحده در واکنش به حملات ?? سپتامبر ناچار شد تا به پایین کشیدن طالبان از قدرت، تأسیس دولت ملیِ منتخب مردم افغانستان و تلاش برای نابودی تروریست ها اقدام کند. دولت افغانستان برای اِعمال موثر حاکمیت خود بر سرزمین آن کشور و مبارزه با تروریسم، نیازمند همکاری و مشارکت آمریکا به عنوان قدرت برتر در نظام بین الملل و متحدین آن کشور است اما این همکاری، مستلزم آن است که در کوتاه مدت ابعادی از حاکمیت دولت افغانستان توسط شرکای بین المللی، ولو با رضایت دولت مرکزی، مورد چشم پوشی قرار گیرد. نقض حاکمیت دولت افغانستان در مغایرت با اصل «عدم مداخله» در امور داخلی سایر کشورها است اما گاه واقعیت های نظام بین الملل، اِعمال شیوه های جایگزین حاکمیت متعارَف را ناگزیر می سازد. در این پژوهش به رابطه مفهوم حاکمیت و دو جلوه اساسی آن، حاکمیت حقوقی بین المللی و حاکمیت وستفالیایی-واتلیایی، از یکسو و استراتژی آمریکا در افغانستان و تحول این استراتژی در دوره اوباما از سوی دیگر پرداخته می شود.