هدف این پژوهش، بررسی و ارزیابی مقایسه ای کارایی و اثربخشی نظام بودجه بندی، شناسایی نقاط قابل بهبود آن و پیشنهاد روشهای اصلاحی در هریک از واحدهای انتفاعی و غیرانتفاعی مورد بررسی در این تحقیق می باشد. در این تحقیق،"شرکت های تحت پوشش سازمان گسترش و نوسازی صنایع ایران" بعنوان جامعه ای از واحدهای انتفاعی و "مناطق شهرداری تهران" بعنوان جامعه ای از واحدهای غیرانتفاعی انتخاب شده اند که با استفاده از تکنیک های نمونه گیری و علم آمار، نسبت به انتخاب نمونه مناسب از آن ها اقدام شده است. اطلاعات، از طریق پرسشنامه ای که بر اساس ادبیات نظری تحقیق و نظرخواهی از اساتید فن تهیه شده است، جمع آوری گردیده و تجزیه و تحلیل داده ها و آزمون فرضیات، از طریق آزمون های آماری (نسبت، t استودنت نمونه های مستقل و کروسکال والیس) و با استفاده از نرم افزار spss صورت گرفته است. یافته های تحقیق نشان می دهد: نظام بودجه بندی در شرکت های انتفاعی مورد بررسی از کارایی و اثربخشی لازم برخوردار است در حالیکه در شرکت های غیرانتفاعی مورد بررسی از کارایی و اثربخشی لازم برخوردار نمی باشد و همچنین کارایی و اثربخشی نظام بودجه بندی در شرکت های انتفاعی مورد بررسی تا حد زیادی بهتر از شرکت های غیرانتفاعی مورد بررسی در این تحقیق است. در بخش پایانی پژوهش ضمن اشاره به محدودیت هایی که سبب کاهش تعمیم پذیری نتایج می گردند، پیشنهاداتی نیز بمنظور ارتقاء و بهبود نظام بودجه بندی در واحدهای انتفاعی و غیرانتفاعی تحت بررسی و همچنین در خصوص تحقیقات علمی آتی مطرح شده است.