به منظور بررسی امکان تمایز ژنتیکی بین تاسماهی ایرانی (acipenser persicus) و تاسماهی روسی (acipenser gueldenstaedtii) با استفاده از روشهای تعیین توالی ژن سیتوکروم b و میکروستلایت (microsatellite) تعداد 5 عدد تاسماهی ایرانی و 5 عدد تاسماهی روسی نمونه برداری گردید. dna ژنومی نمونه ها با استفاده از روش فنل-کلروفرم استخراج شد، کمیت و کیفیت آنها با استفاده از ژل آگارز 1 درصد و دستگاه نانودراپ (مدل nd1000) تعیین گردید. یک جفت پرایمر (forward و reverse) ژن سیتوکروم b میتوکندریایی تاسماهی روسی به شماره ثبتaj563385 در بانک ژن ncbi با استفاده از نرم افزار generuner طراحی و سنتز شد. چهار نمونه از dna تاسماهی ایرانی و چهار نمونه از dna تاسماهی روسی pcr شد و تعین توالی شدند. داده های حاصل از pcr تولید باندهایی در محدوده 1100 – 1000 جفت باز نمودند. توالی دو نمونه از تاسماهی ایرانی به شماره های eu910272و eu910273 و دو نمونه از تاسماهی روسی به شماره های eu910274 و eu910934 در بانک ژن ncbi ثبت گردید. با مرتب کردن و مقایسه توالی های نمونه ها مشاهده شده که در یک ناحیه از ژن سیتوکروم b دو گونه تاسماهی ایرانی و روسی با یکدیگر متفاوتند و در چند موقعیت دیگر تفاوتهای درون گونه ای مشاهده شد. آنالیزهای فیلوژنی از قبیل اختلاف تکاملی، درجه خویشاوندی و درخت فیلوژنی بر اساس روشهای maximum parsimony، upgma و neighbor-joining با استفاده از نرم افزار mega4 ترسیم گردید. جهت بررسی تمایز بین تاسماهی ایرانی و روسی با استفاده از 30 جفت پرایمر مایکروستلایت، واکنش زنجیره ای پلیمراز (pcr) انجام گردید. محصول تکثیر شده روی ژل پلی آکریل آمید 6% الکتروفورز و با محلول نیترات نقره رنگ آمیزی شد و آنالیز داده ها با استفاده از نرم افزار genalex محاسبه شد. نتایج حاصله از ژن cyt b نشان داد که نمونه های تاسماهی ایرانی و روسی بین 1/0-5/0% با یکدیگر اختلاف تکاملی دارند. در استقرار گونه ها در درخت های فیلوژنی رسم شده همخوانی مشاهده شد. موقعیت قرار گیری نمونه های تاسماهی ایرانی و روسی در درخت های فیلوژنی کلاسترهای جدا و بدون هیچ همپوشانی با یکدیگر با شاخص اطمینان (bootstrap> 98%) قرار می گرفتند و بر اساس تست tajima دو گونه تاسماهی ایرانی و روسی در سطح اطمینان 05/0 مشاهده شد که نرخ مساوی بین تکامل شجره ها وجود دارد (65/0=p). در تمام جایگاه های میکروستلایت پلی مورفیسم دیده شد و در 11 جایگاه باند دیسومیک مشاهده شد. بر اساس تست amova میزان fst با احتمال 95% بین تاسماهی ایرانی و روسی 045/0محاسبه گردید که نشان دهنده تمایز و تفکیک ژنتیکی متوسط بین دو گونه تاسماهی ایرانی و روسی است. با استفاده از نرم افزار tfpgaدندروگرامupgma بر اساس فواصل ژنتیکی ترسیم شد و با استفاده از معیار فاصله ژنتیکی(nei,1972) فاصله ژنتیکی بین دو گونه تاسماهی ایرانی و روسی 322/0 و شباهت ژنتیکی 724/0 بدست آمد. با توجه به نتایج بدست آمده از مارکر میکروستلایت، هیچ باند اختصاصی جهت تمایز این دو گونه مشاهده نشد واین مارکر برای تمایز دو گونه تاسماهی ایرانی و روسی کارایی پایینی داشت. ولی ژنb cyt نتایجی قابل اطمینان و دقیقتری ارائه داد. وجود اختلاف نوکلئوتیدی، میزان اختلاف ژنتیکی بدست آمده و قرار گرفتن تاسماهی ایرانی در شاخه ای جدا روی درختهای فیلوژنی ژن سیتوکروم b را به عنوان یک مارکرشاخص جهت تمایز دو گونه تاسماهی ایرانی و روسی معرفی می کند و مشخص شد که روش mtdna قابلیت تمایز گونه ای بالاتری نسبت به روش مایکروستلایت دارد.