آبخوان امامزاده جعفر در جنوب ایران و در 15 کیلومتری غرب شهر دوگنبدان واقع شده است. این آبخوان آبرفتی آزاد بین آبخوان کارستی سازند آسماری و سازند نفوذ ناپذیر گچساران واقع شده است. آب زیرزمینی که تنها منبع آب می باشد، 170 حلقه چاه در آن حفر شده است که سالانه 23 میلیون متر مکعب از آن آب برداشته می کند. یون های اصلی، ph، ec، tds، دما، do، bod، cod، نیترات، عناصر کمیاب، کلیفرم مدفوعی و کل در 20 چاه و فنول، سیانید، pcb، pah، mtbe و tph در تعداد کمی از چاه ها در دو فصل تر و خشک اندازه گیری شدند. مهمترین منابع آلاینده ها کود های شیمیایی، فضولات حیوانی، تعداد کمی دامداری و مرغداری و چاه های جذبی مربوط به 6 روستا با جمعیت 5000 نفری، می باشد. هدایت الکتریکی در بیشتر محدوده آبخوان در محدوده بین 382 تا 6170 میکرو زیمنس بر سانتیمتر می باشد و تیپ آب نیز بیکربناته می باشد، اما در نزدیکی خروجی آبخوان این میزان به 6000 میکرو زیمنس بر سانتیمتر افزایش یافت و تیپ آب به سولفاته تغییر پیدا کرد. تمامی شاخص های اندازه گیری شده به جز کلیفرم کل و کلیفرم مدفوعی، کادمیوم و آنتیموان کمتر از حد mcl سازمان حفاظت محیط زیست ایالات متحده می باشد. مقدار نیترات نسبت به حالت طبیعی افزایش یافته است. دلیل این امر استفاده زیاد از کود های نیتراته و بافت دانه درشت منطقه غیر اشباع در بیشتر مناطق آبخوان می باشد. حداقل یک سوم از چاه های آزمایش شده از نظر میزان کلیفرم مدفوعی و کل آلوده بودند. epa در سال 2009 رشد کلیفرم های مدفوعی در مناطق طبیعی بدون وجود رابطه ای با موجودات زنده را گزارش داد. پیشنهاد می شود که در آینده تحقیقاتی برای دانستن وجود احتمالی آلودگی کلیفرم مدفوعی انجام شود. میزان کادمیوم و آنتیموان در 2 یا 3 حلقه از چاه ها از mcl بیشتر بود. منشا کادمیوم احتمالا کود های فسفاته و آفت کش ها می باشد؛ منشا مشخصی برای آنتیموان یافت نشد. .